r - 过滤数据表时链接 ANDing 的性能优势

Question

我习惯将类似的任务集中到一行中。例如，如果我需要过滤 a , b , 和 c在数据表中，我将它们放在一个 []与 AND。昨天，我注意到在我的特殊情况下，这非常慢，而是测试了链接过滤器。我在下面提供了一个示例。
首先，我播种随机数生成器，加载 data.table ，并创建一个虚拟数据集。

# Set RNG seed
set.seed(-1)

# Load libraries
library(data.table)

# Create data table
dt <- data.table(a = sample(1:1000, 1e7, replace = TRUE),
                 b = sample(1:1000, 1e7, replace = TRUE),
                 c = sample(1:1000, 1e7, replace = TRUE),
                 d = runif(1e7))

接下来，我定义我的方法。第一种方法将过滤器链接在一起。第二个 AND 将过滤器组合在一起。

# Chaining method
chain_filter <- function(){
  dt[a %between% c(1, 10)
     ][b %between% c(100, 110)
       ][c %between% c(750, 760)]
}

# Anding method
and_filter <- function(){
  dt[a %between% c(1, 10) & b %between% c(100, 110) & c %between% c(750, 760)]
}

在这里，我检查它们是否给出相同的结果。

# Check both give same result
identical(chain_filter(), and_filter())
#> [1] TRUE

最后，我对它们进行基准测试。

# Benchmark
microbenchmark::microbenchmark(chain_filter(), and_filter())
#> Unit: milliseconds
#>            expr      min        lq      mean    median        uq       max
#>  chain_filter() 25.17734  31.24489  39.44092  37.53919  43.51588  78.12492
#>    and_filter() 92.66411 112.06136 130.92834 127.64009 149.17320 206.61777
#>  neval cld
#>    100  a 
#>    100   b

创建于 2019-10-25 由 reprex package (v0.3.0)
在这种情况下，链接减少了大约 70% 的运行时间。为什么会这样？我的意思是，数据表的幕后发生了什么？我没有看到任何关于使用 & 的警告，所以我很惊讶差异如此之大。在这两种情况下，他们评估相同的条件，所以这不应该是一个区别。在 AND 情况下，&是一个快速运算符，然后它只需要过滤一次数据表(即，使用 AND 产生的逻辑向量)，而不是在链接情况下过滤三次。
奖金问题
这个原则是否适用于一般的数据表操作？模块化任务总是更好的策略吗？

Answer 1

大多数情况下，答案已经在评论中给出:data.table 的“链接方法”。在这种情况下比“anding 方法”更快，因为链接一个接一个地运行条件。随着每一步减小 data.table 的大小下一个要评估的就更少了。 “Anding”每次评估全尺寸数据的条件。

我们可以用一个例子来证明这一点:当单个步骤不减小 data.table 的大小时(即两种方法的检查条件相同):

chain_filter <- function(){
  dt[a %between% c(1, 1000) # runs evaluation but does not filter out cases
     ][b %between% c(1, 1000)
       ][c %between% c(750, 760)]
}

# Anding method
and_filter <- function(){
  dt[a %between% c(1, 1000) & b %between% c(1, 1000) & c %between% c(750, 760)]
}

使用相同的数据，但 bench包，它会自动检查结果是否相同:

res <- bench::mark(
  chain = chain_filter(),
  and = and_filter()
)
summary(res)
#> # A tibble: 2 x 6
#>   expression      min   median `itr/sec` mem_alloc `gc/sec`
#>   <bch:expr> <bch:tm> <bch:tm>     <dbl> <bch:byt>    <dbl>
#> 1 chain         299ms    307ms      3.26     691MB     9.78
#> 2 and           123ms    142ms      7.18     231MB     5.39
summary(res, relative = TRUE)
#> # A tibble: 2 x 6
#>   expression   min median `itr/sec` mem_alloc `gc/sec`
#>   <bch:expr> <dbl>  <dbl>     <dbl>     <dbl>    <dbl>
#> 1 chain       2.43   2.16      1         2.99     1.82
#> 2 and         1      1         2.20      1        1

正如你在这里看到的 在这种情况下，anding 方法快 2.43 倍 .这意味着 链接实际上增加了一些开销 , 建议通常 anding 应该更快。 除非条件正在减小 data.table 的大小。 一步步。从理论上讲，链接方法甚至可能更慢(甚至将开销放在一边)，即如果条件会增加数据的大小。但实际上我认为这是不可能的，因为 data.table 中不允许回收逻辑向量。 .我认为这回答了你的奖金问题。

作为比较，我机器上的原始功能与 bench :

res <- bench::mark(
  chain = chain_filter_original(),
  and = and_filter_original()
)
summary(res)
#> # A tibble: 2 x 6
#>   expression      min   median `itr/sec` mem_alloc `gc/sec`
#>   <bch:expr> <bch:tm> <bch:tm>     <dbl> <bch:byt>    <dbl>
#> 1 chain        29.6ms   30.2ms     28.5     79.5MB     7.60
#> 2 and         125.5ms  136.7ms      7.32   228.9MB     7.32
summary(res, relative = TRUE)
#> # A tibble: 2 x 6
#>   expression   min median `itr/sec` mem_alloc `gc/sec`
#>   <bch:expr> <dbl>  <dbl>     <dbl>     <dbl>    <dbl>
#> 1 chain       1      1         3.89      1        1.04
#> 2 and         4.25   4.52      1         2.88     1