anaconda - 如何从anaconda使用gcc？当我编译文件时，它提示找不到像 stdio.h 这样的系统头文件

Question

我正在使用 miniconda 来创建一个可移植的环境，该环境可以在软件应用程序中承载其拥有的依赖项，例如 GCC。

我做了一些简单的事情

conda install gcc
conda install libgcc

并尝试使用 conda 的 gcc 编译一个简单的文件，如

#include <stdio.h>

int main() {
  print('hai world');
}

这会提示，

fatal error: 'stdio.h' file not found

我正在我的 MacBook 中执行此操作，我不想安装 Xcode 开发人员工具来访问 gcc 及其系统 header ，因为我希望它尽可能便携。

我还尝试使用 gcc-4.8 的 conda 配方进行 conda-build，但最终提示我需要我不想安装的 Xcode.app 附带的 cc(C 编译器)。

您是否有任何想法如何通过 conda 将 gcc 与系统头文件一起使用，以便我可以编译带有 stdio.h 等系统头文件的文件？

Answer 1

对我有用的是:

从头开始，安装最新版本的 miniconda。特别是 conda 4.6 切换到了一个更好的依赖图 SAT 求解器。

将 channel_priority 设置为 false ( conda config --set channel_priority false )

最小化 channel 集。您可能只需要 defaults和 conda-forge (可选地从其他 channel 添加一些特别的包，见下文)。所以你可以运行 conda config --add channels defaults; conda config --add channels conda-forge .

避免拥有一个满足不同需求的大型环境。相反，为每个项目/工具创建一个环境。

您的 .condarc文件应如下所示:

$ cat ~/.condarc
channels:
  - conda-forge
  - defaults
channel_priority: disabled

如果您需要在 defaults 之外安装软件包和 conda-forge ，您应该尝试仅安装带有 channel 前缀的它们，并让 conda 从 defaults 获取它们的依赖项和 conda-forge ，例如conda install bioconda::snakemake