python - Networkx 没有从邻接矩阵返回漂亮的图

Question

我有一个矩阵如下:

adjacency_matrix = [['A', 1, 1, 0, 2], ['B', 1, 1, 1, 3], ['C', 0, 0, 1, 1]]

它显示 A 在“元素 1”、“元素 2”中，但不在“元素 3”中，因为它有 1、1 和 0。

B 是“元素 1”、“元素 2”和“元素 3”，因为所有值都是 1 等。最后一个值是该子列表中 0 和 1 的总和。

我创建了一个 pandas 数据框以将其保存到 csv 文件中。在保存之前，它会按总和对其进行排序，然后删除最后一列(总和)。

df = pd.DataFrame(adjacency_matrix, columns = ["Name", "Element 1", "Element 2", "Element 3", "Sum"])
df = df.sort_values(by=['Sum'], ascending=False)
df = df.iloc[:, :-1]

我的下一步是使用邻接矩阵并创建一个漂亮的连接图。

G=from_pandas_edgelist(df, source="Name", target=["Name", "Element 1", "Element 2", "Element 3"])
nx.draw_circular(G, with_labels=True)
plt.axis('equal')
plt.show()

我做错了什么？我没有得到“A”连接到元素 1 和元素 2 的无向图。我感觉我的源和目标是错误的。

Answer 1

将邻接矩阵重组为边列表。这是使用 DataFrame.melt 的示例和 DataFrame.query :

df = pd.DataFrame(adjacency_matrix, columns = ["Name", "Element 1", "Element 2", "Element 3", "Sum"])
df = df.sort_values(by=['Sum'], ascending=False)
df = df.iloc[:, :-1]

df_edges = (df.melt(id_vars='Name', var_name='target')
            .query('value==1'))

[输出]

  Name     target  value
0    A  Element 1      1
1    B  Element 1      1
3    A  Element 2      1
4    B  Element 2      1
7    B  Element 3      1
8    C  Element 3      1


G = nx.from_pandas_edgelist(df_edges, source='Name', target='target')
nx.draw_networkx(G)