r - 如何捕获system()的输出

Question

此问题是由Rmarkdown not outputting results of system command to html file引起的。由于某些原因，R（或system()）中system2()的输出无法被sink()或capture.output()捕获，因此knitr目前无法记录输出。例如，在R控制台中：

> system('ls')
DESCRIPTION
NAMESPACE
R
README.md
inst
man

但在编织文档中，您不会看到输出，因为capture.output(system('ls'))是character(0)，即无法捕获输出。正如我在该问题的回答中提到的，我当然可以做cat(system('ls', intern = TRUE), sep = '\n')，但这有点尴尬。我想知道这是否是一种无需使用system()和intern = TRUE即可捕获cat()输出的方法。



更新：有关为解决该问题而提供的hack，请参见https://github.com/yihui/knitr/issues/1203。

Answer 1

您可以添加掩盖knitr::system的函数base::system。用户可以像system::base一样使用它，但是输出可以由capture.output捕获：

system <- function(...) {
  stopifnot(!any(names(list(...)) %in% "intern"))
  result <- base::system(..., intern = TRUE)
  print(result)
}

我承认，这有点怪异，老实说，我不确定可能的副作用。但我认为可能值得一试。