r - 如何在命令行中复制 Knit HTML？

Question

我知道这个问题类似于 this一。但是我在那里找不到解决方案，所以再次在这里发布。

我想通过单击“Knit HTML”但通过命令获得与我完全相同的输出。我尝试使用 knit2html 但它弄乱了格式并且不包括标题，kable 不起作用等。

例子:

这是我的 test.Rmd 文件，

---
title: "test"
output: html_document
---

This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>.

When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:

```{r}
library(knitr,quietly=T)
kable(summary(cars))
```

You can also embed plots, for example:

```{r, echo=FALSE}
plot(cars)
```

Note that the `echo = FALSE` parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot.

输出:

编织 HTML



knit2html

Answer 1

documentation告诉我们:

If you are not using RStudio then you simply need to call the rmarkdown::render function, for example:

rmarkdown::render("input.Rmd")

Note that in the case using the “Knit” button in RStudio the basic mechanism is the same (RStudio calls the rmarkdown::render function under the hood).

本质上，rmarkdown::render比 knitr::knit2html 做更多的设置，虽然我没有所有差异的详尽 list 。

无论如何，呈现输出的最灵活方式是提供您自己的样式表，以根据您的意愿格式化输出。

请注意您需要set up Pandoc manually与 rmarkdown::render 一起工作在命令行上。

也就是说 ，这里有两个评论可以改善 knitr::knit2hmtl输出，并且优于使用 rmarkdown::render在我看来:

要包含标题，请使用 Markdown 标题标签，而不是 YAML 标签:

# My title

要格式化表格，不要使用原始 kable功能。其实在使用rmarkdown::render时也是如此:表格单元格的对齐方式完全关闭。 Rmarkdown 显然使用居中作为默认对齐方式，但此选项几乎永远不会正确。相反，您应该左对齐文本和(通常)右对齐数字。在撰写本文时，Knitr 无法自动执行此操作(据我所知)，但是包含一个过滤器来为您执行此操作相当容易:

```{r echo=FALSE}
library(pander)

# Use this option if you don’t want tables to be split
panderOptions('table.split.table', Inf)

# Auto-adjust the table column alignment depending on data type.
alignment = function (...) UseMethod('alignment')
alignment.default = function (...) 'left'
alignment.integer = function (...) 'right'
alignment.numeric = function (...) 'right'

# Enable automatic table reformatting.
opts_chunk$set(render = function (object, ...) {
    if (is.data.frame(object) ||
        is.matrix(object)) {
        # Replicate pander’s behaviour concerning row names
        rn = rownames(object)
        justify = c(if (is.null(rn) || length(rn) == 0 ||
                        (rn == 1 : nrow(object))) NULL else 'left',
                    sapply(object, alignment))
        pander(object, style = 'rmarkdown', justify = justify)
    }
    else if (isS4(object))
        show(object)
    else
        print(object)
})
```