c - 如何在Mac OS X的C程序中包含hdf5头文件？

Question

我正在尝试学习如何使用C编程，并且希望能够从.hdf文件将数据导入到我的C程序中。

我正在将Mac OS X Lion使用2009年中的MacBook Pro。

我想我遇到了问题，因为我不知道将与HDD相关联的所有头文件放在系统上的哪个位置（请记住，我有点笨拙）。因此，我只是从hdd网站下载了hdf5-1.8.9-freebsd-shared文件夹，然后将所有.h文件从/include子目录中手动拖到了/usr/include目录中。

当我尝试使用普通的gcc终端命令编译.c程序时，出现了一条错误消息（对格式感到抱歉，但是我认为确切的错误关系不大）：

Undefined symbols for architecture x86_64:
  "_H5check_version", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5Fcreate", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5Screate_simple", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5open", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5T_STD_I32LE_g", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5Dcreate2", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5T_NATIVE_INT_g", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5Dwrite", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5Dclose", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5Sclose", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5Fclose", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5Fopen", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5Dopen2", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5Dread", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
ld: symbol(s) not found for architecture x86_64
collect2: ld returned 1 exit status

尽管确切的错误会因我尝试编译的代码而异。这是我尝试编译sample program时生成的。

是否有人在Mac OS X中使hdf5在C中工作有任何经验？我发现这一切都很混乱。

顺便说一句，我通常使用python，并且经常使用h5py而不会有麻烦。

Answer 1

当使用库使用非标准位置的-l<library-name>和-L<library-dir>时，必须告诉链接程序。

如果您在/usr/local/hdf5中安装了hdf5，则需要类似以下内容：

gcc -o h5ex_d_rdwr h5ex_d_rdwr.c -I/usr/local/hdf5/include -L/usr/local/hdf5/lib -lhdf5

如果您使用的是高级API，还请添加-lhdf5_hl。



如果您已安装pkg-config并且知道您已经安装了hdf5，则可以让它为您完成：

gcc -o h5ex_d_rdwr h5ex_d_rdwr.c `pkg-config hdf5 --cflags --libs`