r - Sweave可以自动产生许多PDF吗？

Question

我分析了许多城市(数百个)的测量结果，并且需要为每个城市创建单独的报告(以Adobe pdf格式)。

我的过程是这样的:

首先RStudio准备要显示的数据，保存在X.Rda中。

在X.Rnw(RStudio)中，我阅读X.Rda，选择一个城市，并生成表格和曲线图。

在RStudio中，我按“编译PDF”，然后生成城市报告X.pdf。

我转到步骤2，选择另一个城市，依此类推。

这非常繁琐，并且对于每个城市来说都是很不错的选择，但是如何做到呢？

谢谢R贡献者!

/克里斯

Answer 1

您可以使用带有更改全局变量的for循环之类的东西来控制要编织到报告中的城市。参见其他文章Run Sweave or knitr with objects from existing R session

代码类似于(假设cities是字符 vector ，我以 knitr 包为例，因为您可以指定输出的文件名):

for (city in cities) {
   knit('city_template.Rnw', output = paste('report_', city, '.tex', sep = ''))
}

在city_template.Rnw内部，您有一个类似

<<do-my-job>>=
make_plot(city, ...)
whatever(city, ...)
@

然后，您将获得一系列以城市命名的tex文件，剩下的工作是将它们编译为PDF(RStudio无法编译多个tex文件AFAIK，但是在命令行或在R中使用texi2dvi())。

您需要注意一件事-您必须为每个输出文件使用不同的地物前缀(选项fig.path)，否则不同的城市可以覆盖彼此的地物输出。在knitr中，可以这样操作:

<<setup, echo=FALSE>>=
opts_chunk$set(fig.path = paste('my-prefix-', city, sep = ''))
@

我相信这样做可以安全地生成许多循环报告。

顺便说一句，您当然可以使用Sweave达到相同的目标；也许您会知道我以后为什么要开发knitr的原因(这是题外话，因此在此不再赘述)。