r - 更新特定的 R 包及其依赖项

Question

我的系统(服务器)中安装了大约 4000 个 R 包，其中大部分已经过时，因为它们是在 R-3.0.0 之前构建的。现在我知道了

update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)

会更新我所有的包，但这太慢了。问题是用户不使用大多数软件包，然后他们不时要求我更新他们将使用的软件包(例如字段)。现在如果我跑

install.packages("fields")

即使字段依赖于 map ，它也只会更新包字段而不是包映射。因此，当我尝试加载包字段时:

library("fields")

我收到一条错误消息

Error: package ‘maps’ was built before R 3.0.0: please re-install it

有没有办法升级字段，以便它也能自动更新依赖的包字段？

Answer 1

正如 Ben 在评论中指出的那样，您需要获取 fields 的依赖关系。 ，然后过滤掉优先级为 "Base" 的包或 "Recommended" ，然后将该包列表传递给 install.packages()来处理安装。就像是:

instPkgPlusDeps <- function(pkg, install = FALSE,
                            which = c("Depends", "Imports", "LinkingTo"),
                            inc.pkg = TRUE) {
  stopifnot(require("tools")) ## load tools
  ap <- available.packages() ## takes a minute on first use
  ## get dependencies for pkg recursively through all dependencies
  deps <- package_dependencies(pkg, db = ap, which = which, recursive = TRUE)
  ## the next line can generate warnings; I think these are harmless
  ## returns the Priority field. `NA` indicates not Base or Recommended
  pri <- sapply(deps[[1]], packageDescription, fields = "Priority")
  ## filter out Base & Recommended pkgs - we want the `NA` entries
  deps <- deps[[1]][is.na(pri)]
  ## install pkg too?
  if (inc.pkg) {
    deps = c(pkg, deps)
  }
  ## are we installing?
  if (install) {
    install.packages(deps)
  }
  deps ## return dependencies
}

这给出:

R> instPkgPlusDeps("fields")
Loading required package: tools
[1] "fields" "spam"   "maps"

与

> packageDescription("fields", fields = "Depends")
[1] "R (>= 2.13), methods, spam, maps"

您会收到来自 sapply() 的警告如果 deps 中的依赖项没有实际安装。我认为这些是无害的，因为在这种情况下返回的值是 NA我们用它来指示我们要安装的包。如果您安装了 4000 个软件包，我怀疑它会影响您。

默认为 不是 安装软件包但只返回依赖项列表。我认为这是最安全的，因为您可能没有意识到隐含的依赖链并最终意外安装了数百个包。传入 install = TRUE如果您愿意安装指示的软件包。

请注意，我限制了搜索的依赖项类型 - 如果您使用 which = "most" - 字段 一旦您递归地解决这些依赖项(其中也包括 Suggests: 字段)，就会有超过 300 个这样的依赖项。 which = "all"将查找所有内容，包括 Enhances:这将再次成为更大的软件包列表。见 ?tools::package_dependencies用于 which 的有效输入争论。