r - 如何获取 R Markdown 文件，例如 `source(' myfile.r')`？

Question

我经常有一个主要的 R Markdown 文件或 knit LaTeX 文件，我在其中源一些其他 R 文件(例如，用于数据处理)。然而，我认为在某些情况下，让这些源文件成为它们自己的可重现文档(例如，R Markdown 文件不仅包含数据处理命令，而且还生成解释数据处理决策的可重现文档)是有益的)。

因此，我希望在我的主 R Markdown 文件中包含一个类似 source('myfile.rmd') 的命令。这将提取并获取 myfile.rmd 的 R 代码块内的所有 R 代码。当然，这会产生错误。

以下命令有效:

```{r message=FALSE, results='hide'}
knit('myfile.rmd', tangle=TRUE)
source('myfile.R')
```

如果需要输出，可以省略其中results='hide'。即，knitr 将 R 代码从 myfile.rmd 输出到 myfile.R。

但是，它似乎并不完美:

• 这会导致创建一个额外的文件
• 如果需要控制显示，它需要出现在自己的代码块中。
• 它不像简单的 source(...) 那样优雅。

所以我的问题是: 是否有更优雅的方式来获取 R Markdown 文件的 R 代码？

Answer 1

看来您正在寻找一句俏皮话。将其放入您的 .Rprofile 中怎么样？

ksource <- function(x, ...) {
  library(knitr)
  source(purl(x, output = tempfile()), ...)
}

但是，我不明白为什么您要 source() Rmd 文件本身中的代码。我的意思是 knit() 将运行本文档中的所有代码，如果您提取代码并以 block 的形式运行它，则当您 knit()< 时，所有代码将运行两次 这个文件(你自己在里面运行)。这两个任务应该是分开的。

如果您确实想运行所有代码，RStudio 已经使这变得相当简单:Ctrl + Shift + R。它基本上在幕后调用 purl() 和 source()。