使用“多核”并行性时使用 foreach和 doMC后端(我使用 doMC,因为在我查看它时其他软件包不允许从我想使用 progress 软件包获得进度条,但任何进度(在 Linux 终端上工作,即没有 tcltk弹出窗口)可以做到。
鉴于它使用 fork ,我可以想象这可能是不可能的,但我不确定。
预期用途是在我并行加载 100 个串联文件时指示进度(通常在 #!Rscript 内)
我看过一些帖子,例如 How do you create a progress bar when using the “foreach()” function in R? 。很高兴对此给予赏金。
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向向我展示如何操作的人提供 500 点奖励
- 使用 foreach 和多核( fork )类型的并行性
- 获取进度条
- 使用futile.logger获取日志记录
Reprex
# load packages
library("futile.logger")
library("data.table")
library("foreach")
# create temp dir
tmp_dir <- tempdir()
# create names for 200 files to be created
nb_files <- 200L
file_names <- file.path(tmp_dir, sprintf("file_%s.txt", 1:nb_files))
# make it reproducible
set.seed(1L)
nb_rows <- 1000L
nb_columns <- 10L
# create those 200 files sequentially
foreach(file_i = file_names) %do%
{
DT <- as.data.table(matrix(data = runif(n = nb_rows * nb_columns), nrow = nb_rows))
fwrite(x = DT, file = file_i)
flog.info("Creating file %s", file_i)
} -> tmp
# Load back the files
foreach(file_i = file_names, .final = rbindlist) %dopar%
{
flog.info("Loading file %s", file_i)
# >>> SOME PROGRESS BAR HERE <<<
fread(file_i)
} -> final_data
# show data
final_data
所需输出
请注意,进度条没有与打印行混淆)
INFO [2018-07-18 19:03:48] Loading file /tmp/RtmpB13Tko/file_197.txt
INFO [2018-07-18 19:03:48] Loading file /tmp/RtmpB13Tko/file_198.txt
INFO [2018-07-18 19:03:48] Loading file /tmp/RtmpB13Tko/file_199.txt
INFO [2018-07-18 19:03:48] Loading file /tmp/RtmpB13Tko/file_200.txt
[ =======> ] 4%
编辑 2
赏金结束后,没有任何结果接近预期的结果。
在进度条内记录会搞乱一切。 如果有人得到正确的结果,我将根据结果再给予赏金。
最佳答案
这是使用自定义函数的解决方案(并不完美)。
此函数输出到控制台(使用消息
)进度条。
ii
是当前迭代。N
是要执行的迭代总数。per
是更新进度条的步骤(百分比)。我们需要这个,因为当执行多次迭代时进度条更新太频繁并且输出困惑。
功能:
progBar <- function(ii, N, per = 10) {
if (ii %in% seq(1, N, per)) {
x <- round(ii * 100 / N)
message("[ ",
paste(rep("=", x), collapse = ""),
paste(rep("-", 100 - x), collapse = ""),
" ] ", x, "%", "\r",
appendLF = FALSE)
if (ii == N) cat("\r")
}
}
要测试的代码:
library(doMC)
library(foreach)
registerDoMC(10)
nIteration <- 1e3
foreach(i = 1:nIteration, ii = icount()) %dopar% {
# For progBar ii I'm using icount(), because
# user might iterate over all kind of objects
progBar(ii, nIteration)
Sys.sleep(1 / 10)
}
PS:它并不完美,因为:
- Bar 并不总是运行到
100%
(取决于它可以停止在99%
的迭代次数) - 有时输出会困惑(取决于迭代次数和切换频率) - 仍在调试这部分
- 如果您在
foreach
中使用print
/cat
,控制台不会刷新
关于r - 是否可以使用 foreach 和后端 "multicore-kind"获得进度条,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/51213293/