r - R CRAN 检查 : No repository set, 中的注释，因此跳过了循环依赖检查

Question

从 R 3.1.0 开始，我得到以下 R 检查:

* checking package dependencies ... NOTE
  No repository set, so cyclic dependency check skipped

我尝试了这个建议:https://twitter.com/phylorich/status/431911660698083328

不去。我将 options(repos="http://cran.rstudio.com/") 行放在包根目录的 .Rprofile 中。仍然得到注释。

还有 Writing R Extensions 的第 1.3.1 节状态:

Some Windows users may need to set environment variable R_WIN_NO_JUNCTIONS 
to a non-empty value. The test of cyclic declarations33in DESCRIPTION 
files needs repositories (including CRAN) set: do this in ~/.Rprofile.

这可能是设置环境变量 R_WIN_NO_JUNCTIONS 的结果吗？如果是这样，我该如何去做呢？还有其他可能导致该注释的原因或建议的修复吗？

Answer 1

From Writing R Extensions

描述文件中循环声明的测试需要存储库(包括 CRAN)集:在 ~/.Rprofile 中执行此操作，例如

options(repos = c(CRAN="http://cran.r-project.org"))

推荐

用户应该仔细检查他的 .Rprofile 是否在他的家里并且它包含提到的选项。

# in R session (any platform)
# where is my profile?
file.path(Sys.glob("~"),".Rprofile")
# is it there?
file.exists(file.path(Sys.glob("~"),".Rprofile"))

或者从 R session 使用额外的包:

library(pathological)
r_profile()

用户应仔细检查选项条目是否未嵌套在 IF 条件中，如以下代码所示:

# this will not help for R CMD check --as-cran
if(interactive()) {
options(repos = c(CRAN="http://cran.r-project.org"))
}

针对任何平台的试运行

这里是 R 脚本，准备 R 包的简单临时案例进行测试，有助于更快地找到本地使用中出现的问题。 这种方法帮助我自己找到了 .Rprofile 文件中的错误，并且通常可以帮助设置工作初始状态。 在最好的情况下，检查运行应该只显示 1 个关于新提交的注释。

1. 首先复制/粘贴代码并将其源到您的 R session 中(--vanilla 最好)
2. 然后运行脚本打印的命令来检查测试用例 --as-cran。

示例

# for example
R --vanilla -f makePackage.R
# here the resulting package path is as below
R --no-site-file CMD check --as-cran /tmp/pkgtest
# now see the check log

如果您的 .Rprofile 不存在，则无论如何都会创建它并在文件末尾添加一个新行。

makePackage.R 脚本

# makePackage.R
# makes simple package for playing with check --as-cran

# copy this content to file makePackage.R
# then source it into your R --vanilla session

name <- "pkgtest"

#
# prepare and adjust package template
#

tempbase <- dirname(tempdir())
e <- new.env()
path <- dirname(tempdir())

# make simple package in path
e$fu <-  function(){"Hello"}
package.skeleton(name=name,force=T,path=path,environment=e)
nil <- file.remove(
    file.path(path,name,'Read-and-delete-me'),
    file.path(path,name,'man',paste0(name,'-package.Rd'))
    )

# adjust DESCRIPTION
D <- readLines(file.path(path,name,"DESCRIPTION"))
D[grepl("^Title: ",D)] <- "Title: Testing Skeleton"
D[grepl("^Author: ",D)] <- "Author: John Doe"
D[grepl("^Description: ",D)] <- "Description: Checking --as-cran check."
D[grepl("^Maintainer: ",D)] <- "Maintainer: John Doe <jdoe@doe.net>"
D[grepl("^License: ",D)] <- "License: GPL (>= 2)"
write(D,file.path(path,name,"DESCRIPTION"))

# make fu.Rd
write(
"\\name{fu}\\alias{fu}\\title{Prints}\\description{Prints}
\\usage{fu()}\\examples{fu()}",
file.path(path,name,'man','fu.Rd'))

#
# ensure that .Rprofile contains repos option 
# add fresh new line et the end of .Rprofile
# 

userRp <- file.path(Sys.glob("~"),".Rprofile")
write("options(repos = c(CRAN='http://cran.r-project.org'))",file=userRp, append=TRUE)

#
# print final message
#

msg <- sprintf("
Your test package was created in %s,
under name %s,
your user .Rprofile in %s was modified (option repos),
now check this test package from command line by command:

R --no-site-file CMD check --as-cran %s
", path, name,  userRp, file.path(path,name) 
)

# now is time to check the skeleton
message(msg)

检查包裹

# replace package-path by the path adviced by the sourcing the script above
R --no-site-file CMD check --as-cran package-path

存在用户配置文件和站点配置文件，在上述方法中，您通过使用包骨架选项的 --no-site-file 选项绕过站点配置文件(在第二步中)。

PDF 错误

您可能会遇到 PDF 和 Latex 相关错误，这很可能是由于缺少或不完整 Latex 安装造成的。您可以使用 --no-manual 选项跳过 PDF 测试。

R --no-site-file CMD check --no-manual --as-cran /tmp/pkgtest