r - 如何为集群解决方案中的单个集群生成序列频率图

Question

我找不到问题的充分答案，也许有人可以提供帮助？ (我是 R 初学者)

我做序列分析，状态空间是n = 10，时间空间是t = 168(月)。我绘制了具有 8 个簇的簇解的序列频率图。然而，该情节并不真正可供解释，因为单个情节太固定或太小。 (见下图)

到目前为止，我执行了以下过程(非常接近 TraMineR 帮助文档中的说明):

dist.om1 <- seqdist(neu.seq, method = "OM", indel = 1, sm = submat)
clusterward1 <- agnes(dist.om1, diss = TRUE, method = "ward")
cluster8 <- cutree(clusterward1, k = 8)
cluster8 <- factor(cluster8, labels = c("Typ 1", "Typ 2", "Typ 3", "Typ 4", "Typ 5", "Typ 6", "Typ 7", "Typ 8"))
seqfplot(neu.seq, group = cluster8, pbarw = T, withlegend = T)

我尝试重新配置边距，但结果始终是相同的图(所附图是使用默认设置完成的)。所以我想，也许我可以为我的 8 簇解决方案中的单个簇绘制序列频率图。 (在 Stata 代码中，我会为单个序列索引图编写类似 sqindexplot if cluster8 == 4 的内容) 然而，我不知道这是如何在 R 中完成的。如果有人知道如何获得更漂亮的序列频率图，我将非常感激! 谢谢你! 奥利弗

Answer 1

对于 8 个组，您可能需要使用 cex.plot 参数减小轴标签的字体大小。例如:

seqfplot(neu.seq, group = cluster8, withlegend = T, cex.plot=.5)

您还可以使用 border=NA 参数获得更好看的图，该参数可以抑制代表每个序列模式的条形周围的黑色边框。

或者，如果您使用 pdf、png 或 jpeg 等图形设备来创建绘图文件，请尝试使用函数的参数width和height。 height 值越大，文本看起来越小。

要仅获取集群 4，请使用

seqfplot(neu.seq[cluster8=="Typ 4",], withlegend = T)

(另请参阅 How to identify sequences within each cluster? )

如果您想使用例如 par(mfrow=c(.,.)) 自己组合绘图，则必须禁用自动图例，并使用 手动插入图例seqlegend，例如

par(mfrow=c(2,2))
seqfplot(neu.seq[cluster8=="Typ 4",], withlegend = F)
seqfplot(neu.seq[cluster8=="Typ 5",], withlegend = F)
seqfplot(neu.seq[cluster8=="Typ 6",], withlegend = F)
seqlegend(neu.seq)
dev.off()

希望这有帮助。