r - 如何定义维恩图中相交的颜色？

Question

我找到了很多关于如何在 R 中绘制维恩图的资源。Stack Overflow has a lot of them 。但是，我仍然无法按照我想要的方式绘制图表。以下面的代码为例:

library("VennDiagram")

A <- 1:4
B <- 3:6
d <- list(A, B)

vp <- venn.diagram(d, fill = c("white", "white"), alpha = 1, filename = NULL, 
  category.names=c("A", "B"))
grid.draw(vp)

我希望集合之间的交集为红色。但是，如果我将任何白色更改为红色，我会得到以下结果:

vp_red <- venn.diagram(d, fill = c("red", "white"), alpha = 1, filename = NULL, 
  category.names=c("A", "B"))
grid.draw(vp_red)

这不是我想要的。我只希望交叉路口是红色的。如果我改变阿尔法，这就是我得到的:

vp_alpha <- venn.diagram(d, fill = c("red", "white"), alpha = 0.5, filename = NULL, 
  category.names=c("A", "B"))
grid.draw(vp_alpha)

现在我的十字路口出现了粉红色。这也不是我想要的。我想要的是这样的image from Wikipedia :

我该怎么做？也许 VennDiagram 包无法做到这一点，我需要一些其他包，但我一直在测试不同的方法来做到这一点，但我无法找到解决方案。

Answer 1

我将展示两种不同的可能性。在第一个示例中，polyclip::polyclip 用于获取交集。在第二个示例中，圆被转换为 sp::SpatialPolygons，并且我们使用 rgeos::gIntersection 获得交集。然后我们重新绘制圆圈并填充相交区域。

<小时/>

使用venn.diagram时生成的对象是

"of class gList containing the grid objects that make up the diagram"

因此，在这两种情况下我们都可以从“vp”中获取相关数据。首先，检查str结构并列出对象的grobs:

str(vp)
grid.ls()
# GRID.polygon.234
# GRID.polygon.235
# GRID.polygon.236 <~~ these are the empty circles
# GRID.polygon.237 <~~ $ col : chr "black"; $ fill: chr "transparent"
# GRID.text.238 <~~ labels
# GRID.text.239
# GRID.text.240
# GRID.text.241
# GRID.text.242 

<小时/>

1。 polyclip

获取 x 和 y 值，并将它们采用 polyclip 所需的格式:

A <- list(list(x = as.vector(vp[[3]][[1]]), y = as.vector(vp[[3]][[2]])))
B <- list(list(x = as.vector(vp[[4]][[1]]), y = as.vector(vp[[4]][[2]])))

寻找交集:

library(polyclip)
AintB <- polyclip(A, B)

抓取标签:

ix <- sapply(vp, function(x) grepl("text", x$name, fixed = TRUE))
labs <- do.call(rbind.data.frame, lapply(vp[ix], `[`, c("x", "y", "label")))

绘制它!

plot(c(0, 1), c(0, 1), type = "n", axes = FALSE, xlab = "", ylab = "")
polygon(A[[1]])
polygon(B[[1]])
polygon(AintB[[1]], col = "red")
text(x = labs$x, y = labs$y, labels = labs$label)

<小时/>

2。 SpatialPolygons 和 gIntersection

获取圆的坐标:

# grab x- and y-values from first circle
x1 <- vp[[3]][["x"]]
y1 <- vp[[3]][["y"]]

# grab x- and y-values from second circle
x2 <- vp[[4]][["x"]]
y2 <- vp[[4]][["y"]]

将点转换为SpatialPolygons并找到它们的交点:

library(sp)
library(rgeos)
p1 <- SpatialPolygons(list(Polygons(list(Polygon(cbind(x1, y1))), ID = 1))) 
p2 <- SpatialPolygons(list(Polygons(list(Polygon(cbind(x2, y2))), ID = 2))) 

ip <- gIntersection(p1, p2) 

绘制它!

# plot circles 
plot(p1, xlim = range(c(x1, x2)), ylim = range(c(y1, y2))) 
plot(p2, add = TRUE) 

# plot intersection
plot(ip, add = TRUE, col = "red") 

# add labels (see above)
text(x = labs$x, y = labs$y, labels = labs$label)

<小时/>

我非常确定您可以使用 grid 或 gridSVG 包中的剪切函数直接在 grobs 上工作。