r - xtable 与 p 值的相关矩阵

Question

我想要在 Sweave 中使用 xtable 的 p 值相关矩阵。我试过这个

library(ltm)
library(xtable)
mat <- matrix(rnorm(1000), 100, 10, dimnames = list(NULL, LETTERS[1:10]))
rcor.test(mat)
xtable(rcor.test(mat))

它会抛出此错误:

Error in UseMethod("xtable") : 
  no applicable method for 'xtable' applied to an object of class "rcor.test"

我想知道如何为 xtable 获取具有 p 值的相关矩阵，以便在 Sweave 中使用。预先感谢您的帮助。

Answer 1

要了解发生了什么，我总是建议保存感兴趣的对象，然后使用 str 查看其结构。

library(ltm)
library(xtable)
mat <- matrix(rnorm(1000), 100, 10, dimnames = list(NULL, LETTERS[1:10]))
out <- rcor.test(mat)
str(out)

看起来正在打印的表格实际上并未存储在此处。那么我们来看看rcor.test的打印方法

getAnywhere(print.rcor.test)

我们看到该方法实际上构造了打印出来的矩阵，但不返回它。因此，为了获得矩阵以便我们可以从中使用 xtable，我们只需...窃取代码来构造该矩阵。我们将返回构造的矩阵，而不是打印出矩阵然后返回原始对象。

get.rcor.test.matrix <- function (x, digits = max(3, getOption("digits") - 4), ...) 
{
    ### Modified from print.rcor.test
    mat <- x$cor.mat
    mat[lower.tri(mat)] <- x$p.values[, 3]
    mat[upper.tri(mat)] <- sprintf("%6.3f", as.numeric(mat[upper.tri(mat)]))
    mat[lower.tri(mat)] <- sprintf("%6.3f", as.numeric(mat[lower.tri(mat)]))
    ind <- mat[lower.tri(mat)] == paste(" 0.", paste(rep(0, digits), 
        collapse = ""), sep = "")
    mat[lower.tri(mat)][ind] <- "<0.001"
    ind <- mat[lower.tri(mat)] == paste(" 1.", paste(rep(0, digits), 
        collapse = ""), sep = "")
    mat[lower.tri(mat)][ind] <- ">0.999"
    diag(mat) <- " *****"
    cat("\n")

    ## Now for the modifications
    return(mat)

    ## and ignore the rest
    #print(noquote(mat))
    #cat("\nupper diagonal part contains correlation coefficient estimates", 
    #    "\nlower diagonal part contains corresponding p-values\n\n")
    #invisible(x)
}

现在让我们获取矩阵并在其上使用 xtable。

ourmatrix <- get.rcor.test.matrix(out)
xtable(ourmatrix)