r - R 中的forceNetwork 让人疯狂 : no edges displayed

Question

我已经尝试使用 R 中的 networkD3 包绘制网络已有一周了。 simpleNetwork 函数正常工作，但它不允许对图形的外观进行太多控制。 forceNetwork 函数就是为了这个目的:显示具有丰富视觉特征的图形。

我遇到的问题与 this 中暴露的问题几乎相同问题。我仔细阅读了包文档，并尝试了上述线程中提出的解决方案，但没有成功:我得到的只是一团节点云，没有边缘连接它们。

这是我的data.frame:

边缘

Gene1 Gene2 Prob
  1    22    3
  2    22    6
  3    22    6
  4    22    9
  5    22    3
  6    22    4
  7    22    8
  8    22    4
  9    22    6
 10    22    8
 11    22    6
 12    22   10
 13    22    6
 14    22    3
 15    22    6
 16    22    6
 17    22    0
 18    22    4
 19    22    6
 20    22    4

垂直

Symbol Chr Expr
   1   21    9
   2   17   10
   3   17    0
   4   20    0
   5    6    9
   6    5   11
   7   12    0
   8    1   20
   9   17   11
  10   17    7
  11   17   11
  12   10    0
  13   17    0
  14    7    7
  15   17    6
  16   17    0
  17    2    5
  18    5   10
  19   17   10
  20   17    9
  21   12    4
  22    3    2

嗯，这会导致上面提到的没有边缘的节点云。如果我用我放在节点上的实际标签更改“符号”列，也会发生同样的事情(尊重链接表的顺序，按照包的要求)。

请注意，该包通过 this 说明了此函数的用法例如，如果您打开使用的数据集(MisLinks、MisNodes)，它们的内容与我的相同，除了节点的标签之外。运行同一个例子是有效的；使用我的数据运行则不会。

这是我用来绘制网络的函数:

forceNetwork( Links = edg, Nodes = vert, Source = "Gene1", Target = "Gene2", 
              Value = "Prob", NodeID = "Symbol", Group = "Chr", opacity = 0.7,
              colourScale = "d3.scale.category20b()", Nodesize = "Expr", zoom = T,
              legend = T )

所有其他属性都正确显示(节点大小、图例、颜色)，但我始终看不到边缘。我的数据集中一定有错误，但我无法以任何方式找到它。

Answer 1

我遇到了同样的问题(simpleNetwork 正常工作，forceNetwork 首先仅显示节点，没有边，然后根本不显示)。

问题(您可能在“重建从 0 开始编号的数据帧”时修复了该问题)是您的原始链接数据 edg，从 1 而不是 0 开始？

networkD3 文档，http://christophergandrud.github.io/networkD3/ ，有这样的注释:

Note: You are probably used to R’s 1-based numbering (i.e. counting in R starts from 1). However, networkD3 plots are created using JavaScript, which is 0-based. So, your data links will need to start from 0.

回复。不正确的数据类型，我最初也认为可能是问题所在，我测试了转换所有不同的列(NodeID 的因子变量除外)as.numeric 与 as.integer - 不过，现在将我的数据更正为基于 0 的数据而不是基于 1 的数据后，我的 forceNetwork 显示可以正常使用任一数据类型。

希望这有帮助!