image - R:哪个热图/图像可以获得没有任何树状图的行排序图？

Question

哪个包最适合仅按行排序的热图/图像，但不显示任何树状图或其他视觉困惑(只是两个轴上带有自动命名标签的二维彩色网格) 。除了基本的数字排序之外，我不需要花哨的聚类。数据是一个 39x10 的数字表，范围为 (0,0.21)，我想将其可视化。

我搜索了 SO(参见 this )和 R 站点，并尝试了一些。查看 R Graphical Manual 以查看出色的可搜索屏幕截图和相应包的列表。

软件包的范围令人困惑 - 哪一个是首选热图(就像ggplot2适用于大多数其他绘图)？以下是我迄今为止发现的内容:

• base::image - 不好，轴上没有名称标签，没有排序/聚类
• base::heatmap - 选项远不如以下内容容易理解:
• pheatmap::pheatmap - 太棒了，但似乎无法关闭 树状图？ (有什么技巧吗？)
• ggplot2 people use geom_tile, as Andrie points out
• gplots::heatmap.2 , ref - 似乎 受到生物技术人员的青睐，但对于我的目的来说太过分了。 (不 与ggplot*或Wickham教授的关系)
• plotrix::color2D.matplot 也存在

base::heatmap 很烦人，即使有参数heatmap(..., Colv=NA, keep.dendro=FALSE) 它仍然在行上绘制不需要的树状图。

现在我将使用 pheatmap(..., cluster_cols=FALSE, cluster_rows=FALSE) 并手动对我的表进行预排序，就像这个人:Order of rows in heatmap?

附录:显示每个单元格内的值，请参阅: display a matrix, including the values, as a heatmap 。我不需要这个，但有它很好。

Answer 1

通过 pheatmap，您可以使用选项 treeheight_row 和 treeheight_col 并将它们设置为 0。