java - 为什么 blueJ 试图永远执行我的程序

Question

我不确定我的代码是否有问题，但是当我尝试使用长度超过 50 个字符的字符串运行代码时，BlueJ 会尝试永远运行该程序，但控制台永远不会出现。我让它运行了一个小时左右仍然没有结果。

我尝试过直接在程序中输入各种字符串，似乎输入较短的 DNA 链工作正常，但在达到一定长度后，程序永远不会执行，我不确定问题可能是什么，因为没有错误显示消息或异常。

package com.company;

public class problem3 {

    public static void main(String[] args) {
        new problem3().printAllGenes("CAATGCTGATAGTAATGGTATTATGATATGTAGTGGGATTTAGAGGATGCGCGCAGCCGATGACGAGCGACGATGCTAA");
    }

    public int findStopCodon(String dnaStr, int startIndex, String stopCodon) {
        int currIndex = dnaStr.indexOf(stopCodon, startIndex + 3);
        while (currIndex != -1) {
            int diff = currIndex - startIndex;
            if (diff % 3 == 0) {
                return currIndex;
            } else {
                currIndex = dnaStr.indexOf(stopCodon, currIndex+1);
            }
        }
        return dnaStr.length();
    }

    public String findGene(String dna, int where) {
        int startIndex = dna.indexOf("ATG", where);

        if (startIndex == -1) {
            return "";

        }
        int taaIndex = findStopCodon(dna, startIndex, "TAA");
        int tagIndex = findStopCodon(dna, startIndex, "TAG");
        int tgaIndex = findStopCodon(dna, startIndex, "TGA");
        int minIndex = 0;

        if (taaIndex == -1 || (tgaIndex != -1 && tgaIndex < taaIndex)) {
            minIndex = tgaIndex;

        } else {
            minIndex = taaIndex;
        }
        if (minIndex == -1 || (tagIndex != -1 && tagIndex < minIndex)) {
            minIndex = tagIndex;
        }
        if (minIndex == -1) {

            return "";
        }
        if (minIndex + 3 > dna.length()) {
            return "";
        }

        return dna.substring(startIndex, minIndex + 3);
    }

    public void printAllGenes(String dna) {

        int startIndex = 0;

        while (true) {

            System.out.println("yes");
            String currentGene = findGene(dna, startIndex);

            if (currentGene.isEmpty()) {
                break;
            }

            System.out.println(currentGene);

            startIndex = dna.indexOf(currentGene, startIndex) + currentGene.length();
        }

    }
}

该程序应该通过查找起始密码子 (ATG) 和终止密码子 (TAA、TAG、TGA) 来获取一条 DNA 链并导出基因。要运行该程序，我将使用 String dna = "CAATGCTGATAGTAATGGTATTATGATATGTAGTGGGATTTAGAGGATGCGCGCAGCCGATGACGAGCGACGATGCTAA"调用 printAllGenes() 方法。

Answer 1

你可能需要改变

currIndex = dnaStr.indexOf(stopCodon, currIndex);

在findStopCodon中到

currIndex = dnaStr.indexOf(stopCodon, currIndex + 1);

否则您将始终找到相同的 currIndex 并且永远不会退出 while 循环。