我正在尝试从一组序列中获取编辑距离的百分比。到目前为止,这就是我所拥有的:
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Text::Levenshtein qw(distance);
my @sequence = qw(CA--------W----------------------EKDRRTEAF---F------
CA--------W----------------------EKDRRTEAF---F------
CA--------S-------------------SLVFGQGDNIQY---F------
RA--------S-------------------SLIYSP----LH---F------);
foreach my $list (@sequence){
my @distance = distance($list, @sequence);
my @length = $list =~ tr/[A-Z]///;
}
我可以根据带有@length
的字母来获取带有@distance
的编辑距离和每个序列的长度。如果打印结果如下:
@距离
0 0 13 14
0 0 13 14
13 13 0 11
14 14 11 0
@length
13
13
16
12
由于@length
的每一行都相当于@sequence
的每一行,所以在比较这两行时我想使用最大的@length
获取百分比。因此,当第二个和第三个序列之间存在编辑距离时,它将使用 16 而不是 13 的长度来获取百分比。我认为需要发生的是仅调用 @length
数组的两个元素,并选择较大的一个,然后将其放入百分比中,可能使用 if
语句。
我知道这段代码是错误的,但这通常是我想要的想法:
foreach my $list (@sequence){
my @distance = distance($list, @sequence);
my @length = $list =~ tr/[A-Z]//; # / syntax hilite fix
foreach my $item(@distance){
foreach @length {
my $num1 = if $length[0] >= $length[1];
print "$item/$num1\n";
else my $num2 = $length[1] >= $length[0];
print "$item/$num2\n";
}
}
}
答案应该类似于下面的内容:
0 0 .8125 1.0769 0 0 .8125 1.0769 .8125 .8125 0 .6875 1.0769 1.0769 .6875 0
最佳答案
试试这个。总结一下:我们计算两对之间的编辑距离
字符串。对于每一对,我们想要确定距离的分数和最大字符数 (A-Z
)。最大字符数为该对中两项的最大字符数。
use strict;
use warnings;
use Text::Levenshtein qw(distance);
my @sequence = qw(
CA--------W----------------------EKDRRTEAF---F------
CA--------W----------------------EKDRRTEAF---F------
CA--------S-------------------SLVFGQGDNIQY---F------
RA--------S-------------------SLIYSP----LH---F------
);
my @length = map { tr/[A-Z]// } @sequence;
for my $i (0..$#sequence) {
my $list = $sequence[$i];
my @distance = distance($list, @sequence);
my $num1 = $length[$i];
for my $j (0..$#distance) {
my $item = $distance[$j];
my $num2 = $length[$j];
my $num = ( $num2 > $num1 ) ? $num2 : $num1;
printf "%.4f ", $item/$num;
}
print "\n";
}
输出:
0.0000 0.0000 0.8125 1.0769
0.0000 0.0000 0.8125 1.0769
0.8125 0.8125 0.0000 0.6875
1.0769 1.0769 0.6875 0.0000
关于arrays - 距数组的编辑距离百分比,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/41047574/