r - 如何使用 iGraph 在 R 中挖掘主题

Question

我正在尝试使用包igraph在R中挖掘3节点图案。我想检索图中每个单独顶点的图案数量，这在 graph.motifs() 函数中似乎不可能。

因此，对于示例图:

testGraph = barabasi.game(10, 
m = 5,
power = 2, 
out.pref = TRUE,
zero.appeal = 0.5,
directed = TRUE)

我可以使用graph.motifs()来计算整个图中每个3节点motif的总数:

graph.motifs(testGraph, 
size = 3)

[1] 0 0 26 0 16 0 2 58 0 0 0 0 0 0 0 0

但我想知道各个顶点的参与情况。那么，顶点 1 参与了多少个主题(以及什么类型)？有人知道一个简单的方法吗？

Answer 1

这里有一个快速操作方法。

如果您对顶点 A 的三元组感兴趣，则首先创建包含 A 及其直接邻居的导出子图。您可以通过 neighborhood() 和 induced.subgraph() 或简单地使用 graph.neighborhood() 来完成此操作。

然后在这个子图中找到主题，但不是使用graph.motifs()，而是使用triad.census()，因为这会计算所有可能的三元组，即使是非连接的。

然后从该子图中删除A，并再次调用triad.census()。两个计数向量的差异将恰好是包含 A 的主题。