r - 从 Shiny App 调用 R 脚本

Question

我开发了一个 Shiny 的应用程序，它显示一些动态图表。这些图表是在执行时根据某些按钮的值生成的。这个 Shiny 的应用程序从之前经过处理和转换的原始 csv 中获取数据。除了 Shiny 的应用程序之外，我还得到了一个 Rscript 来对原始数据进行所有这些“转换”。我想做的是从 Shiny 的应用程序调用此 Rscript，以便在 Shiny 的应用程序启动时执行。

我已经检查过这些链接，但根本没有帮助:How can I connect R Script with Shiny app in R?还有这个using Source() in Shiny 。我也检查了 Rstudio 文档:http://shiny.rstudio.com/tutorial/lesson5/ .

我认为它应该是这样的，即 procesadoDatos.R RScript。我只想在开始时执行源命令，以便在 Shiny 的应用程序启动时加载数据:

 source("procesadoDatos.R",local = TRUE)
 shinyServer(function(input, output,session) {
 (renderplots, reactives elements and so on)}

Rscript 是作为 server.R 和 UI.R 文件的 Shiny 项目路径。我也尝试过包含路径，但它也不起作用。

我尝试的另一件事是创建一个函数来进行所有转换，然后在获取它之后从 server.R 文件中调用它:

 source("procesadoDatos.R",local = TRUE) 
 generate_data(ticketsByService_report10.csv)

正在RScript中定义generate_data这个函数:

 generate_data <- function(csv_file) {
 (all those transformation, data frame an so on)}

在所有情况下，我都收到相同的错误，指出未找到 RScript 中生成的数据帧。

有人知道这是怎么回事吗？提前致谢

Answer 1

Shiny 的范围

所有这些很大程度上取决于您调用 source() 的具体位置。如果您需要从 UI 和服务器功能中查找数据，请将 source() 放在应用程序之外。

如果将 source() 放置在服务器函数内，UI 将无法找到脚本创建的任何对象。如果将其放入渲染函数内，则对象仅在该渲染函数内可见。另请参阅Scoping rules for Shiny

注意，如果您有单独的 server.R 和 ui.R 文件，并且希望 UI 查找脚本创建的对象，则应添加 global.R 文件复制到您的应用程序目录。然后，source() 命令进入 global.R 文件。

一个小例子:

source('testScript.R')

shinyApp(
  fluidPage(
    selectInput("cols", "pick columns",
                 choices = names(x)),
    dataTableOutput("what")),
  function(input, output, session){
    output$what <- renderDataTable(x)
  }
)

和testScript.R包含一行:

x <- iris

这里的关键是:

1. 脚本实际上必须创建这些对象
2. 脚本应源自正确的位置。

因此，如果您可以执行以下操作:

shinyApp(
  fluidPage(
    selectInput("cols", "pick columns",
                 choices = names(x)),
    dataTableOutput("what")),
  function(input, output, session){
    source('testScript.R', local = TRUE)
    output$what <- renderDataTable(x)
  }
)

您收到有关无法找到 x 的错误。这是正常的，因为 x 现在仅在服务器函数的环境中定义。

不过你仍然可以这样做:

shinyApp(
  fluidPage(
    dataTableOutput("what")),
  function(input, output, session){
    source('R/testScript.R', local = TRUE)
    output$what <- renderDataTable(x)
  }
)

请注意 x 仅在服务器函数内部需要，而不是在 UI 内部。

使用函数

对于函数，同样的情况也适用。您将函数定义放入脚本中并像以前一样获取它。函数只不过是一个对象，因此脚本本质上创建了一个函数对象，然后可以使用完全相同的作用域规则找到该对象。

请记住，如果您想使用函数的结果，则该函数应该返回一些内容。因此，将这个简单的示例放入 testScript.R 中:

myfun <- function(x){
  tmp <- iris[x]
  return(tmp)
}

现在您可以执行以下操作:

source('testScript.R', local = TRUE)

shinyApp(
  fluidPage(
    selectInput("cols", "pick columns",
                choices = names(myfun())),
    dataTableOutput("what")),
  function(input, output, session){
    output$what <- renderDataTable(myfun(input$cols))
  }
)

如果您将 source() 放在服务器函数中，这将不再起作用。 UI 端将无法再看到 myfun() 。

rm(list = ls())
shinyApp(
  fluidPage(
    selectInput("cols", "pick columns",
                choices = names(myfun())),
    dataTableOutput("what")),
  function(input, output, session){
    source('R/testScript.R', local = TRUE)
    output$what <- renderDataTable(myfun(input$cols))
  }
)
# Error in myfun() : could not find function "myfun"