r - 覆盖另一个包继承的包函数

Question

我正在尝试覆盖 tidy.source knitr的功能包裹。问题是tidy.source定义于 formatR包，由 knitr 导入包裹。 如果我运行:

get("tidy.source", envir=asNamespace("knitr"))

我得到了原始代码。 所以我很想覆盖 tidy.source与:

assignInNamespace ("tidy.source", function()print("My tidy.source"), "knitr") ,

但我得到:

Error in bindingIsLocked(x, ns) : no binding for "tidy.source" .

事实上tidy.source定义于 formatR并由 knitr 继承。与:

assignInNamespace ("tidy.source", function()print("My tidy.source"), "formatR")

一切显然都很顺利，但再次检查get("tidy.source", envir=asNamespace("knitr"))显示里面 knitr一切都没有改变。

有什么帮助吗？

编辑:

由于 knitr/formatR 的新开发版本，这个问题部分已过时。非常感谢 Yihui 注意到这个讨论并决定更新他的包。请参阅:

https://github.com/yihui/formatR/commit/6f70360f359caa8d2bb33190a1c89530defb0e98

我绝对可以从Sweave切换到knitr。

关于覆盖导入的包函数的一般问题仍然悬而未决。由于它不再与 knitr/formatR 包相关，因此我用更通用的术语重述它。

假设您有一个包main导入包imp。如果加载前者，"package:main"显示在附加软件包列表中，并且 "main"和"sub"显示加载的命名空间的名称。

假设main导入导出的sub函数exp.sub.func，该函数依次调用非导出的sub 函数prv.sub.func。如果您想使用 exp.sub.func.mod 更改/自定义 exp.sub.func，您可以考虑使用:

assign("exp.sub.func", exp.sub.func.mod, asNamespace ("sub"))

因此，通过运行 sub::exp.sub.func您将获得修补版本(即exp.sub.func.mod)。
不幸的是，只要您的exp.sub.func.mod继续依赖prv.sub.func，您就会收到错误:

Error in [...] : object 'prv.sub.func' not found

事实上:

environment(sub::exp.sub.func) 

现在返回:<environment: R_GlobalEnv>虽然它是<environment: namespace:sub>打补丁之前。

问题是:如何将修补后的函数移动到正确的命名空间？

要实现上述问题，您当然可以使用任何软件包；就我而言，我使用 knitr 和 formatR 作为主要和导入的命名空间，使用 tidy.source() 作为修补函数。

Answer 1

更改 formatR 命名空间中的函数不会更改 knitr 使用的内容，因为 knitr 已加载。因此，您可以卸载并重新加载它。

assignInNamespace("tidy.source", function()print("My tidy.source"), "formatR")
detach('package:knitr', unload=TRUE)
library(knitr)
get("tidy.source", envir=asNamespace("knitr"))
#function()print("My tidy.source")