r - 按 ExpressionSet 对象的样本进行子集化

Question

我有一个包含 100 个样本的 ExpressionSet 对象:

> length(sampleNames(eset1))
100

我还有一个包含 75 个样本的名称向量(不是数据本身):

> length(vecOf75)
75

如何根据 75 个样本名称对 eset1 进行子集化(并保存)？也就是说，我想忽略 eset1 中那些名称未在 vecOf75 中列出的样本。请记住，与 75 个样本名称相对应的某些样本可能不在 eset1 中。因此，

> length(sampleNames(eset1))

现在应该给出<75。

Answer 1

ExpressionSet 可以像矩阵一样是子集，所以也许

eset2 = eset1[, sampleNames(eset1) %in% vecOf75]

或者如果all(vecOf75 %in%sampleNames(eset1))那么就

eset1[, vecOf75]

不确定“保存”是什么意思； save(eset2, "some_file.rda") 或提取组件 exprs(eset2)、pData(eset2) 等，并使用 write.table 和其他标准 R 函数。