java - Spark 提交错误 : Invalid maximum heap size: -Xmx4g --jars, 但系统上有足够的内存

Question

我正在运行 Spark 作业:

spark-submit --master spark://ai-grisnodedev1:7077 --verbose --conf spark.driver.port=40065 --driver-memory 4g
--jars /opt/seqr/.conda/envs/py37/lib/python3.7/site-packages/hail/hail-all-spark.jar 
--conf spark.driver.extraClassPath=/opt/seqr/.conda/envs/py37/lib/python3.7/site-packages/hail/hail-all-spark.jar 
--conf spark.executor.extraClassPath=./hail-all-spark.jar ./hail_scripts/v02/convert_vcf_to_hail.py ./hgmd_pro_2019.4_hg38.vcf -ht 
--genome-version 38 --output ./hgmd_pro_2019.4_hg38.ht

该命令给出了一个错误:

Invalid maximum heap size: -Xmx4g --jars Error: Could not create the Java Virtual Machine. Error: A fatal exception has occurred. Program will exit.

我检查了内存:

所以，看起来还不错。我检查了java:

(py37) -bash-4.2$ java -version
openjdk version "1.8.0_232"
OpenJDK Runtime Environment (build 1.8.0_232-b09)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 25.232-b09, mixed mode)

然后我在 Chrome 中检查了 spark 是否在 ai-grisnodedev1:7077 上运行，并且只有一个工作人员运行。如果我使用 ipython，我可以在 https://hail.is/docs/0.2/getting_started.html 运行简单的 install 示例。 :

import hail as hl
mt = hl.balding_nichols_model(n_populations=3, n_samples=50, n_variants=100)
mt.count()

因此，依赖于 Spark 的 Hail 也能正常工作。也许我的命令格式错误或某些文件已损坏？但是该错误非常具有误导性。我可以做什么来尝试调试这个问题？

Answer 1

我也遇到这个问题了。无论如何，我使用的是pySpark。 对我来说，这是 spark.executor.memory 接受的问题，例如16gb，而spark.driver.memory只接受16g->g<中的b strong>b 导致了错误(说实话有点不直观)。