我有一个使用 igraph 生成的图表。我想分散节点。到目前为止，我发现的唯一方法是缩放布局并强制绘图命令不重新缩放。
png("kmeansColouredNetwork.png", width=1200,height = 1000)
col=c("yellow", "saddlebrown", "brown1","chartreuse2", "chocolate1","darkorange" ,"deepskyblue1", "hotpink1","plum2")
for(i in 1:9){
V(graph)$cluster[which(V(graph)$name %in% kmeans[,i])]<-col[i]
}
V(graph)$color=V(graph)$cluster
coords <- layout.fruchterman.reingold(graph)*0.5
plot(graph, layout = coords, vertex.label=NA, rescale=FALSE, vertex.size=degree(graph)*.25,vertex.color=V(graph)$cluster)
labels = paste("cluster:", 1:length(colours))
legend("left",legend=labels, col=col, pch=16, title="K means clustered subgroups")
dev.off()
如果我不重新缩放，中心高度连接的节点会聚集在一起，我会得到这样的图表，其中图表主体中的模式无法辨别:
另一方面，如果我告诉绘图命令不要重新缩放，那么我会得到以下结果:
其中的模式是可辨别的，但一半的图表偏离了情节。这不是绘图大小的问题，就好像我增加了 png 的尺寸一样，它仍然使图形远离绘图边缘居中。
这不是布局的问题 - 我尝试过 fruchterman.reingold、layout_nicely、reingold.tilford、layout.circle、layout random，同样的事情发生。
显然曾经有一个变量来设置节点之间的排斥因子，但这似乎已被弃用。
如何展开图表的节点或重新调整图表的大小并使其居中？
最佳答案
选项 1:使顶点变小
node.size= c(10,10,10)
plot(net, vertex.size=node.size*0.25)
选项 2(如果顶点之间的距离对您来说并不重要):
# Use the tkplot option to edit your graph in GUI
tkplot (net)
注意:tkplot 将图形输出为 eps。如果您想进一步编辑它或将其导出为 pdf，我建议使用 inkscape(我将它用于所有图形编辑 - 只需在 RStudio 中将图形另存为 pdf 并在 inkscape 中编辑)。 对于 eps 的情况，如果您使用的是 Windows 计算机，则需要调整 inkscape 才能打开此格式。一个非常简短且详细的过程here:
关于r - 增加 igraph 节点之间的距离，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/32857024/