java - 重定向输出以作为命令行的输入？

Question

我想在 bash 脚本中运行以下代码:

java -jar VarScan.v2.2.jar somatic < samtools view -b -u -q 1 $n_b \
| samtools pileup -f $r - < samtools view -b -u -q 1 $t_b \
| samtools pileup -f $r - output

其中 $n_b 和 $t_b 是文件。

java 体细胞函数有 2 个参数。所以

samtools view -b -u -q 1 $n_b | samtools pileup -f $r

是参数之一，

samtools view -b -u -q 1 $t_b | samtools pileup -f $r

是另一个参数。这两个参数本身都是可执行的。

所以我想要的是

samtools view -b -u -q 1 $n_b | samtools pileup -f $r -

先执行再执行

samtools view -b -u -q 1 $t_b | samtools pileup -f $r

输出成为体细胞的输入。

Answer 1

[编辑]我想我现在明白你的问题了，如果我错了，请纠正我。

让我们从最简单的示例开始，该示例具有与您的示例相同数量的不同命令行。假设您有三个程序:“somatic”、“samtools1”和“samtools2”。 somatic 采用两个参数，而 samtools1 和 samtools2 不采用任何参数。

让我们进一步想象一下，当运行 samtools1 时，它会生成一个单词“output1”。同样，让我们​​想象一下，当运行 samtools2 时，它会产生一个单词“output2”。然后您想运行命令

somatic output1 output2

作为命令行。

实现这一点的方法是

somatic `samtools1` `samtools2`

不涉及重定向。

或者详细地讲，使用你原来的例子，比如

java -jar VarScan.v2.2.jar somatic `samtools view -b -u -q 1 $n_b | samtools pileup -f $r -` `samtools view -b -u -q 1 $t_b | samtools pileup -f $r - output`

尽管 ` 和 | 之间可能存在一些相互作用这需要一些括号或引号。我实际上还没有尝试过运行这个。

[留下审核的旧内容]

我不太清楚你的问题:你清楚你是想重定向输出还是制定命令行吗？我怀疑你的意思是后者，因为你谈论了两个参数，并且只有 1 个标准输入。

如果您想根据命令的输出制定命令行参数，则要使用的 bash 语法是反引号 '`'

例如，要运行需要日期作为其命令行参数的命令“mycommand”，您可以使用

mycommand `date`

它将运行 date 命令，并使用该命令的输出作为 mycommand 的第一个参数。