java - biojava包导入错误

Question

我已经下载了biojava jar 文件并将其保存在我的类路径中。我正在尝试示例来测试:http://www.biojava.org/wiki/BioJava:CookBook:Core:FastaReadWrite

但是，它给了我错误:

error: package org.biojava3.core.sequence does not exist   
import org.biojava3.core.sequence.ProteinSequence;

站点中显示的示例文件有 24 个错误。我将 jar 文件保存在类路径中。那为什么这给了我错误？我错过了什么步骤吗？

Answer 1

请检查您的类路径设置和biojava版本。

我从网页上结合biojava 3.0.7版本获取了示例。 这是我所做的

• 下载biojava.jar

  wget http://biojava.org/download/maven/org/biojava/biojava3-core/3.0.7/biojava3-core-3.0.7.jar 
  

• 创建一个 Java 文件 FastaOpen.java，其中包含从您的链接获取的代码

• 编译

  javac -cp .:biojava3-core-3.0.7.jar FastaOpen.java
  

• 执行

  java -cp .:biojava3-core-3.0.7.jar FastaOpen
  Exception in thread "main" java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException: 0
  at FastaOpen.main(FastaOpen.java:20)
  

异常(exception)情况正常，因为我没有指定文件名。 所以，对我来说这个例子是有效的。如果我在编译时没有指定类路径，我会得到与您相同的错误，例如:

FastaOpen.java:5: error: package org.biojava3.core.sequence does not exist
import org.biojava3.core.sequence.ProteinSequence;

以上描述适用于 Linux。在 MS Windows 上，您应该尝试类似于以下命令(在 Powershell 中发出)的操作

• 编译

  PS > & 'C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_45\bin\javac.exe' -cp "C:\Users\stefan\Downloads\biojava3-core-3.0.7.jar" .\FastaOpen.java
  

• 执行

  PS > & 'C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_45\bin\java.exe' -cp "C:\Users\stefan\Downloads\biojava3-core-3.0.7.jar;C:\Users\stefan\Downloads" FastaOpen
  

  (java 源/类和 jar 文件都位于 Downloads 目录中。