c++ - 在 Windows R 中使用 openmp，rtools 是否支持 openmp？

Question

当我尝试在 C++ 代码中使用 openmp 在 Windows 7 上构建我的 R 包时收到很多错误消息:

c:/rtools/mingw/bin/../lib/gcc/mingw32/4.5.0/libgomp.a(parallel.o):(.text+0x19): undefined      reference to `_imp__pthread_getspecific'
c:/rtools/mingw/bin/../lib/gcc/mingw32/4.5.0/libgomp.a(parallel.o):(.text+0x7a): undefined reference to `_imp__pthread_mutex_lock'
c:/rtools/mingw/bin/../lib/gcc/mingw32/4.5.0/libgomp.a(env.o):(.text+0x510): undefined reference to `_imp__pthread_mutex_init'

...

Rtools 不支持 openmp 吗？ 请问有人知道如何在 Windows R 包中使用 openmp 吗？

Answer 1

2015 年，Rtools 支持 Windows 下的 openmp，与 Rcppp 配合良好。下面是一个为数值 vector 创建 squares 函数的简单示例:

// src/example.cpp

#include <Rcpp.h>
#include <omp.h>
// [[Rcpp::plugins(openmp)]]]

// [[Rcpp::export]]
Rcpp::NumericVector squares (Rcpp::NumericVector data)
{
  Rcpp::NumericVector result(data.size());
  #pragma omp parallel
  {
    Rcpp::Rcout << omp_get_num_threads() << std::endl;
    for (int i = 0; i < data.size(); i++) {
      result[i] = data[i] * data[i];
    }

  }
  return result;
}

我们还需要使用 openmp 编译标志创建 src/Makevars.win。在此示例中，示例 src/Makevars 将在 linux 上运行:

# src/Makevars.win

PKG_CXXFLAGS = $(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS)
PKG_LIBS = $(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS)