OSX 10.11.5 TOPPAS v2.0.0(66a7739)
我是 OpenMS 和 TOPPAS 的新手。我正在尝试实现此处的 DeMIX TOPPAS 工作流程: https://github.com/userbz/DeMix
我相信我已经正确配置了所有内容。我已经根据自述文件更改了 .toppas 文件，包括更改所有路径。
工作流使用“MSGFPlus.jar”，它在工作流 (.toppas) 中显示为正确的路径。但是，当我运行工作流程时，我收到错误...
Fatal error: Java not found. Java is needed to run MS-GF+. Make sure that it can be executed by calling 'java', e.g. add the directory containing the Java binary to your PATH variable."
我相信 TOPP 正在以我的本地用户身份运行，但是我是否以本地用户或 root 身份运行似乎并不重要。该错误表明我检查 java 是否在我的路径中，该路径似乎适用于本地用户和 root。
Mikes-MacBook-Pro:~ mikes$ java -version
java version "1.8.0_74"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_74-b02)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.74-b02, mixed mode)
Mikes-MacBook-Pro:~ mikes$
Mikes-MacBook-Pro:~ mikes$ sudo bash
Password:
bash-3.2# java -version
java version "1.8.0_74"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_74-b02)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.74-b02, mixed mode)
bash-3.2#
编辑: 我尝试使用“open”从命令行打开 TOPPAS.app，并将“/usr/bin/java”添加到 Info.plist...按照建议 here ，但我仍然遇到同样的错误。
编辑: 有问题的 .jar 文件在命令行中运行正常...
Mikes-MacBook-Pro:MSGFPlus mikes$ java -jar ./MSGFPlus.jar -s /Users/.../DeMix-master/Example/20131106_Q2_SDC_120MIN_HELA1.mzML -d /Users/.../2016-21-07_uniprot_sprot.fasta
MS-GF+ Beta (v10089) (7/16/2014)
Loading database files...
Creating the suffix array indexed file... Size: 197666693
AlphabetSize: 28
Suffix creation: 0.00% complete.
Suffix creation: 5.06% complete.
(snip)
Sorting 0.00% complete.
Sorting 5.81% complete.
(snip)
Sorting 98.78% complete.
Loading database finished (elapsed time: 207.38 sec)
Reading spectra...
Ignoring spectrum controllerType=0 controllerNumber=1 scan=20845: spectrum is not centroided.
(snip)
Ignoring spectrum controllerType=0 controllerNumber=1 scan=21339: spectrum is not centroided.
Ignoring 421 profile spectra.
Ignoring 0 spectra having less than 10 peaks.
最佳答案
答案来自 TOPPAS 邮件列表。
这是一个错误，他们正在下一版本中添加修复程序。
解决方法是使用应用程序内容中的 TOPPAS 文件从命令提示符启动 TOPPAS。
即 $/Applications/OpenMS-2.0.0/TOPPAS.app/Contents/MacOS/TOPPAS
关于java - OPenMS TOPPAS 找不到 Java，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/38523518/