python - 如果不重写 Python/Perl 脚本，我如何在 bash 脚本中通过管道将输出连接在一起？

Question

我有以下 Perl 脚本(尽管这适用于 Python 和其他脚本语言):script1.pl、script2.pl、script3.pl

这些脚本的编写方式是，用户使用输入标志执行它们，输出是保存的文件。

perl script1.pl --i input1.tsv   ## this outputs the file `outputs1`
perl script2.pl --i outputs1     ## this outputs the file `outputs2`
perl script3.pl --i outputs2     ## this outputs the file `final_output`

(对于 Pythonistas，这是 python script1.py)

现在，我想创建一个可执行的 bash 脚本，允许用户简单地使用 input1 并获取返回的输出 final_output。

以下是我如何仅使用一个 Perl 脚本 execute.sh 来完成此操作:

#!/bin/sh

source ~/.bash_profile

FLAG1="--i=$1"

perl script1.pl $FLAG1

可以在命令行上运行execute.sh input1.tsv

对于我使用三个脚本的示例，我如何将中间输出通过管道传输到中间脚本中以创建一个 execute.sh 脚本，例如outputs1 到 script2.pl，然后 outputs2 到 scripts3.pl，等等？

有没有办法让我在不重写 perl/python 脚本的情况下做到这一点？

编辑:附加信息:问题是我实际上不知道输出是什么。文件名根据原始的inputs1.tsv 进行更改。现在，我确实知道输出的文件扩展名。但outputs1和outputs2具有相同的文件扩展名。

Answer 1

此类情况的最佳实践是从 stdin 读取脚本并将其写入 stdout。在这种情况下，将它们通过管道连接在一起变得非常容易，如下所示:

perl script1.pl < input1.tsv | perl script2.pl | perl script3.pl

就您而言，您可以编写如下脚本:

#!/bin/sh
perl script1.pl --i input1.tsv
perl script2.pl --i outputs1 
perl script3.pl --i outputs2

这并不理想，但它会做你想要的。它将读取 input1.tsv，并写入output3。