python - 合并从 contigs.fa 生成的两行

Question

我有一个由汇编器生成的文件。看起来像下面这样。

>NODE_1_length_211_cov_22.379147
CATTTGCTGAAGAAAAATTACGAGAAATGGAGCACAAGGCTGTTTTTGTGAATGTCAAAC
CAAGTGACAACTCTATAGCGTTTGTATAAGACTCTCATACTAATCCCAAGCAAACTCTAT
ACTGACGCATGAACATGGAAGAGAAATGCTGCTCGTGTATGTATTATGGACCAGCTTGGA
ACACCATGTTAGGACTTTATAGATGTCTTACGATTTTTTCGACGTGATGAAGAAGTCTAT
TCAGCATTTGA
>NODE_2_length_85_cov_19.094118
TACTCCTGAGCACTTTGTGCTCTTAGTTCTTACTAGAACTGTTACAGCTCCACGAACTTG
TCGACTCTTTGAGTCAATTTCTGTTAGTTCCTACGAACTAAGAGGCTCTCTGAGCCCAGT
CTTCC

我想使用 python 或 linux sed 命令合并行，并希望以这种方式得到结果。

>NODE_1_length_211_cov_22.379147
CATTTGCTGAAGAAAAATTACGAGAAATGGAGCACAAGGCTGTTTTTGTGAATGTCAAACCAAGTGACAACTCTATAGCGTTTGTATAAGACTCTCATACTAATCCCAAGCAAACTCTATACTGACGCATGAACATGGAAGAGAAATGCTGCTCGTGTATGTATTATGGACCAGCTTGGAACACCATGTTAGGACTTTATAGATGTCTTACGATTTTTTCGACGTGATGAAGAAGTCTATTCAGCATTTGA
>NODE_2_length_85_cov_19.094118
TACTCCTGAGCACTTTGTGCTCTTAGTTCTTACTAGAACTGTTACAGCTCCACGAACTTGTCGACTCTTTGAGTCAATTTCTGTTAGTTCCTACGAACTAAGAGGCTCTCTGAGCCCAGTCTTCC

就像每个序列一样，将其视为单行，将节点名称视为其他行。

Answer 1

一个由 tr 和 sed 组成的小管道可以做到这一点:

$ tr -d '\n' < contigser.fa | sed 's/\(>[^.]\+\.[0-9]\+\)/\n\1\n/g' > newfile.fa 

<小时/>

在python中:

file = open('contigser.fa','r+')
lines= file.read().splitlines()

file.seek(0)
file.truncate()

for line in lines:
    if line.startswith('>'):
        file.write('\n'+line+'\n')
    else:
        file.write(line)

注意:Python 解决方案将更改存储回 contigser.fa。