linux - -bash : syntax error near unexpected token `done' in script

Question

我很抱歉发布此内容，但这让我发疯。我对 bash 脚本非常陌生，而且真的很挣扎。我有以下格式的文件 8_S58_L001.sorted.bam，我想从许多文件中取出第一个数字(在本例中为 8)并生成一个 csv 文件。这将为我提供下游函数处理样本的顺序。 该脚本如下并且它可以工作，但是每次运行它时我都会收到错误(-bash:意外标记“完成”附近的语法错误)并且很难理解为什么。到目前为止，我已经花了两天时间试图弄清楚它的真相，并在各个论坛上进行了广泛的搜索。

do
test=$(ls -LR | grep .bam$| sed 's/_.*//'| awk '{print}' ORS=',' | sed 's/*$//')
echo $test>../SampleOrder/fileOrder2.csv
done

如果我只是运行

test=$(ls -LR | grep .bam$| sed 's/_.*//'| awk '{print}' ORS=',' | sed 's/*$//')
echo $test>../SampleOrder/fileOrder2.csv

然后我得到了所需的输出并且没有错误，但如果它被合并到 do 语句中，我会得到上述错误。我希望将其合并到更大的脚本中，因此我想首先处理此错误。

我应该说这是在基于 Linux 的集群上运行的。

有经验的人可以告诉我哪里出了问题吗？

提前致谢

山姆

Answer 1

bash 没有 do 语句，并且 done 当它是命令中的第一个单词时是保留字。

所以在

do
  something
  something
done

do 是语法错误。 do 仅在 for 和 while 循环的上下文中有用，它用于将条件与循环体分开。

由于您报告的是 done 上的语法错误，而不是 do 上的语法错误，我猜测您已经让 Windows 行结尾渗入了您的文件中。 Bash 并不将 \r (CR) 字符视为特殊字符，因此如果您的文件实际上包含 do\r，那么它将被视为外部命令的名称。