我对编程和 Python 非常陌生,我正在尝试将 DLPOLY HISTORY 文件转换为 arc 文件。我需要做的是提取晶格向量(单词时间步下的 3x3 数组)、x、y 和 z 坐标(每个元素下方的行上的三个条目)和电荷(行上的第四个条目元素)。
理想情况下,我希望最终能够转换任意大小和帧长度的文件。
DLPOLY HISTORY 文件的两个标题行和前两帧如下所示:
File Title
0 3 5 136 1906
timestep 0 5 0 3 0.000500 0.000000
3.5853000000 0.0000000000 0.0000000000
-1.7926500000 3.1049600000 0.0000000000
0.0000000000 0.0000000000 4.8950000000
Ca 1 40.078000 1.050000 0.000000
0.000000000 0.000000000 0.000000000
O 2 15.999400 -0.950000 0.000000
1.792650000 -1.034986100 1.140535000
H 3 1.007940 0.425000 0.000000
1.792650000 -1.034986100 1.933525000
O 4 15.999400 -0.950000 0.000000
-1.792650000 1.034987000 -1.140535000
H 5 1.007940 0.425000 0.000000
-1.792650000 1.034987000 -1.933525000
timestep 10 5 0 3 0.000500 0.005000
3.5853063513 0.0000000000 0.0000000000
-1.7926531756 3.1049655004 0.0000000000
0.0000000000 0.0000000000 4.8950086714
Ca 1 40.078000 1.050000 0.020485
-0.1758475885E-01 0.1947928245E-04 -0.1192033544E-01
O 2 15.999400 -0.950000 0.051020
1.841369991 -1.037431082 1.120698646
H 3 1.007940 0.425000 0.416965
1.719029690 -1.029327936 2.355541077
O 4 15.999400 -0.950000 0.045979
-1.795057186 1.034993005 -1.093028694
H 5 1.007940 0.425000 0.373772
-1.754959531 1.067269072 -2.320776528
到目前为止我的代码是:
fileList = history_file.readlines()
number_of_frames = int(fileList[1].split()[3])
number_of_lines = int(fileList[1].split()[4])
frame_length = (number_of_lines - 2) / number_of_frames
number_of_atoms = int(fileList[1].split()[2])
lines_per_atom = frame_length / number_of_atoms
for i in range(3, number_of_lines+1, frame_length):
#maths for converting lattice vectors
#print statement to write out converted lattice vectors
for j in range(i+3, frame_length+1, lines_per_atom):
atom_type = fileList[j].split()[0]
atom_x = fileList[j+1].split()[0]
atom_y = fileList[j+1].split()[1]
atom_z = fileList[j+1].split()[2]
charge = fileList[j].split()[3]
print atom_type, atom_x, atom_y, atom_z, charge
我可以提取并转换晶格向量,所以这不是问题。然而,当谈到第二个 for 循环时,它只执行一次,它认为我的范围结束语句
frame_length+1
不正确,但如果我将其更改为
i+3+frame_length+1
我收到以下错误:
charge = fileList[j].split()[3]
IndexError: list index out of range
我认为这意味着我要越过数组的末尾。
我确信我忽略了一些非常简单的事情,但我们将不胜感激。
我还想知道是否有一种更有效的方法来读取文件,因为据我了解,readlines 将整个文件读取到内存中,并且 HISTORY 文件的大小可以轻松达到几 GB。
最佳答案
好的,我们可以使用您提供的示例值进行相当简单的检查来找到问题。如果我们输入以下代码
for i in range(3,1907,136):
for j in range(i+3,137,2):
print i,j
我们得到这个:
3 6
3 8
3 10
...
3 132
3 134
3 136
这是您遇到的错误。循环似乎只迭代一次。但是,如果我们稍微更改一下代码,我们就会看到问题的根源。如果我们运行
for i in range(3,1907,136):
print "i:", i,
for j in range(i+3,137,2):
print "j:", j
我们得到这个:
i: 3 j: 6
j: 8
j: 10
j: 12
...
j: 134
j: 136
i: 139 i: 275 i: 411 i: 547 i: 683 i: 819 i: 955 i: 1091 i: 1227 i: 1363 i: 1499
i: 1635 i: 1771
因此,您可以看到内部循环(j 循环)第一次运行,一旦完成,外部循环(i 循环)就会一直运行,而不会让内部循环继续运行。这是因为您在内循环上设置了 range
的方式。第一次运行时,其计算结果为 range(3,137,2)
,但第二次运行时,结果为 range(142,137,2)
,因为 i
> 第二次运行时从 139 开始。它在开始之前就已经终止了。
为了得到你想要的(或者我认为你想要的),内循环是这样的:
for j in range(4,frame_length,line_per_atom):
atom_type = fileList[j+i].split()[0]
这使得j
成为每帧中第四行之后的行的迭代器
但我还没弄清楚你的代码是如何工作的。我手工计算了你的示例中的值,只是作为检查。
frame_length = (1906 - 2) / 136 = 14
lines_per_atom = 14 / 5 = 2.8
2.8 的 lines_per_atom
是非法的,它必须是一个整数,我不知道你为什么没有得到 TypeError
。 lines_per_atom 的计算应为 lines_per_atom = (frame_length - 4)/number_of_atoms
无论如何,希望这能奏效!
(另外,以后尝试使用驼峰式大小写作为变量名称,而不是下划线。因此 lines_per_atom
变为 linesPerAtom
,在我看来更容易输入)
关于python - For 循环遍历 Python 中文本文件的重复部分,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/19299003/