python - ete2 中的矩形作为 NodeStyle 形状

Question

我想在 ete2 中为树状图创建自己的布局。我有非常具体的需求来逐个节点地自定义树(即每个节点都有不同的样式等......)

是否可以将节点的形状设置为矩形(我发现圆形、方形和球形可供选择)？我想手动设置每个节点的长度和高度。

另外，您有使用 ete2 的经验吗？定制有什么限制吗？它似乎是可视化树木的好工具，但我想创建一个更“特殊”的布局。

提前致谢，

L.

Answer 1

NodeStyle 只支持filledRect。但是，您可以通过添加 RectFace 获得相同的效果和更多控制。位于节点的分支右侧位置。还有许多其他配置可供选择。例如:

from ete2 import Tree, RectFace, TreeStyle, AttrFace
tree = Tree()
tree.populate(10)

# Disable auto tip names
ts = TreeStyle()
ts.show_leaf_name = False

for node in tree.traverse():
    # disable default node shapes
    node.img_style["size"] = 0
    # add a custom rect shapes to nodes
    rectF = RectFace(10, 10, "blue", "white")
    rectF.margin_right = 5
    node.add_face(rectF, column=0, position="branch-right")

    # Add tip names in a custom position
    if node.is_leaf():
        nameF = AttrFace("name", fsize=10, fgcolor="slateGrey")
        node.add_face(nameF, column=1, position="branch-right")

tree.show(tree_style=ts)