我有一大组代表生物系统中化学通量的常微分方程。分子发生 react 、隔离和循环的地方。我试图让它发挥作用,让我了解在一系列条件下可以生产多少特定产品。
我正在使用这些软件包
import numpy as np
from scipy.integrate import odeint
import matplotlib.pyplot as plt
import math
import pylab as p
这是我的功能
def rxn(y,t):
k1=1 #population coco * rate of photosynthesis
k2=0.5 #population methan * rate of reaction
k3=0.01
i=25 #day shape approximation
Pe=0.1 #approx photosynthetic efficiency
Ce=0.1 #approx calcium carbonate production efficiency
x =i*math.sin(math.pi*t/24)**2
# x= day night shift
#Sugar Production
r1= x * (y[0]*y[1]) -k1*(y[2]*y[3])
# R1 ** 2cho3 + 2h+ <-> o2+ 2ch3cooh ***
# Anaerobic Respiration
r2= Pe* -k2*(y[4]*y[5])
# R2 *** ch3cooh -> co2 + ch4 ***
# Calcium carbonate production
r3= x* Ce * -k3*(y[6]*y[4]*y[7])
# Ca + 2hco3 -> Caco3 + co2 + h2o
dWdt = + r3 #Water
dCdt = - r2 + r3 #Carbon Dioxide
dAdt = r1 + r2 #Acetate
dMdt = - r2 #Methane
dOdt = 2*r1 #Oxygen
dCadt= - r3 #Calcium
dCbdt= 2*r1 -2*r3 #Carbonate
dCacdt= + r3 #Calcium carbonate
return [dWdt,dCdt,dAdt,dMdt,dOdt,dCadt,dCbdt,dCacdt]
然后我的其余代码如下
# Timespan (0 - hours - increment)
tspan=np.arange(0,50,0.1)
#Starting Concentrations
#y0 = H2o co2 chcooh ch4 o2 ca hco-3 caco3
y0=[100,40,10,10,10,80,70,10]
Conc=odeint(rxn,y0,tspan,full_output = 1,mxstep=5000)
CW = Conc[:,0]
CC = Conc[:,1]
CA = Conc[:,2]
CM = Conc[:,3]
CO = Conc[:,4]
CCa= Conc[:,5]
CCo= Conc[:,6]
CCc= Conc[:,7]
plt.plot(tspan,CC,label='co2')
plt.plot(tspan,CA,label='ch3cooh')
plt.plot(tspan,CM,label='ch4')
plt.plot(tspan,CO,label='o2')
plt.plot(tspan,CCa,label='Ca')
plt.plot(tspan,CCo,label='hco3-')
plt.plot(tspan,CCc,label='caco3')
plt.xlabel("time (hours)")
plt.ylabel("moles")
plt.title("Nutrient Flux?")
plt.legend()
p.show()
当它运行时,我遇到了大量与收敛和类型有关的错误。即;
lsoda-- at t (=r1) and step size h (=r2), the
corrector convergence failed repeatedly
or with abs(h) = hmin ls
in above, r1 = 0.3550854455646D+01 r2 = 0.2492601566412D-09
和
File "Reaction.py", line 62, in <module>
CW = Conc[:,0]
TypeError: tuple indices must be integers or slices, not tuple
我已经阅读了其他堆栈交换答案中每个错误的含义,但是,我真的不明白这样一组简单的 ODE 为何会如此僵硬,而且我真的不明白我在哪里得到类型错误来自任一。我对 python 非常陌生(现在可能很明显),我有一种感觉这是由于某种编码错误造成的。我真的很感激任何帮助解决这个问题的人。
最佳答案
我只是减少了寻求解决方案的时间间隔,发现对于tspan=np.arange(0,5,0.1)
,解决方案随着时间的推移增长得非常快,并达到 ~1e19
。对于tspan=np.arange(0,10,0.1)
,它达到~1e38
。因此,您的解决方案可能呈指数趋于无穷大,问题可能出在您的参数、初始条件或方程中。
为了避免您问题中的第二个错误,我刚刚使用了 Conc=odeint(rxn,y0,tspan,full_output = 1,mxstep=10000)[0]
因为 odeint
返回元组 (y, infodict)
,而我们只需要 y
。
关于python - 描述化学方程的 Scipy ODE 错误,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/42524789/