我有一组包含 EEG 信号数据的 EDF 文件。我正在使用pyedflib
访问这些文件,但是我经常难以从某些文件中读取信号。基本上,当我尝试读取信号值时,我会得到许多文件的全 0 数组。鉴于:
def get_sig(fname):
import pyedflib
f=pyedflib.EdfReader(fname)
file_dur=f.getFileDuration()
fs=int(inFile.getSignalHeader(0)['sample_rate'])
chan_names=f.getSignalLabels()
#note... channel names and file duration are captured correctly
sig=f.readSignal(4)
return sig
这将返回一个长度为“file_dur”*“fs”的数组,但结果是一个全 0 的数组,并显示以下警告:
read -1, less than 8965120 requested!!!
有人知道什么可能会导致这样的问题吗?不幸的是,我无法分享任何数据,因为它是 PHI,但如果有任何可能有帮助的其他信息,请询问。
一些额外的说明:
- 我也尝试过
sig=f.readSignal(4,start=0,n=100)
确保文件开头或任何类似内容都没有问题,并且它返回一个长度为 100 的全 0 数组。 - 当我在 Matlab 中检查这些值时,这些值是正确的(即非零)。
- 问题似乎是特定于文件的(有些已正确处理,而另一些则未正确处理),但是除了实际信号值之外,我找不到文件之间的任何差异
f.readSignal(4)
中使用的索引 4在我的完整应用程序中没有硬编码,这只是为了演示目的(在我的示例文件中,4 对应于 EEG channel F4)。
谢谢!
附注我也将其添加到 pyedflib wiki 中。
最佳答案
如果使用相同的句柄,pyedflib 不会在文件之间进行清理。上面的代码可以正常运行,但是当作为驱动程序内部的循环实现时,我没有显式关闭 pyedflib 文件句柄。一旦我在每个文件后添加 f.close()
,它就可以正常工作。
关于python - Pyedflib 读取信号错误,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/46431900/