python - scikit-learn 和 scipy 库之间的决定系数不同。为什么？

Question

我有一篇论文的数据集，但我很难验证他们报告的决定系数 R 平方。我使用了 sklearn 和 scipy 库，但得到了不同的答案。为什么？哪一个更可靠？ 附注当我使用 Excel 作为另一种选择时，我得到了与 scipy 相同的答案。

下面是我用来比较 SKlearn 和 Scipy 结果的代码:

import pandas as pd
from scipy import stats
from sklearn.metrics import r2_score

data = pd.read_csv("output.csv", header=None)

y_measured = data.iloc[0, :].values
y_predicted = data.iloc[1, :].values

print(r2_score(y_measured, y_predicted)) # prints 0.708717556205

slope, intercept, r_value, p_value, std_err = stats.linregress(y_measured, y_predicted)

print(r_value**2)  # prints 0.731889173485

Answer 1

r2_score根据给定的 y 值和线性回归线预测的 y 值计算其值，而不是根据给定的 x 和 y 值。

这是一个例子。一、进口:

In [59]: import numpy as np

In [60]: from scipy import stats

In [61]: from sklearn.metrics import r2_score

一些要使用的数据:

In [62]: x = np.array([0, 1, 2, 3, 5, 8, 13])

In [63]: y = np.array([1.2, 1.4, 1.6, 1.7, 2.0, 4.1, 6.6])

使用 scipy.stats.linregress 进行线性回归，然后检查r²:

In [64]: slope, intercept, rvalue, pvalue, stderr = stats.linregress(x, y)

In [65]: rvalue**2
Out[65]: 0.9485915175891462

对于给定的 x 值，计算回归线预测的 y 值:

In [66]: ypred = slope*x + intercept

使用r2_score再次计算r²:

In [67]: r2_score(y, ypred)
Out[67]: 0.9485915175891464

正如预期的那样，我们得到了相同的值。

我们还可以使用scipy.stats.pearsonr来计算这个值:

In [68]: pearson_r, pearson_p = stats.pearsonr(x, y)

In [69]: pearson_r**2
Out[69]: 0.9485915175891464