python - Ubuntu 上的 ClustalW

Question

在 biopython 食谱中，我找不到如何实际运行 clustalw。我已经完成了食谱上的操作，但它没有运行 clustalw 只是打印

clustalw2 -infile=opuntia.fasta

任何人都可以帮助我如何实际运行 clustalw 吗？

Answer 1

该部分是从 BioPython 文档复制的。

>>> from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline
>>> cline = ClustalwCommandline("clustalw2", infile="opuntia.fasta")
>>> print(cline)

clustalw2 -infile=opuntia.fasta

如果你运行

from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline
cline = ClustalwCommandline("clustalw2", infile="opuntia.fasta")
print(cline) 

它会做三件事

1. 导入ClustalwCommandline BioPython 的模块
2. 创建 ClustalwCommandline对象
3. 打印对象的字符串表示形式

如果要执行程序，则需要调用创建的对象

stdout, stderr = cline()

然后它将使用您提供的参数运行整个程序。 “正常”输出可在stdout中找到。以及 stderr 中的所有错误.

如果出现找不到可执行文件的错误，则需要添加 clustalw2 目录添加到您的路径或指定完整路径(例如 cline = ClustalwCommandline("c:/users/gufran/programs/clustalw.exe", infile="opuntia.fasta" )。