python - 在 Python Jupyter 笔记本中使用 rpy2 安装 Bioconductor 包

Question

我正在尝试在 Python Jupyter 笔记本中使用 rpy2 从 Bioconductor 安装“pcaMethods”。

这是我尝试过的

from rpy2.robjects.packages import importr
utils = importr('utils')
utils.install_packages('mice') # all of this works
base = importr('base')
base.source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocinstaller = importr("BiocInstaller") # this doesn't work
biocinstaller.biocLite("pcaMethods") # this doesn't work

# load the installed package
pcaMethods = importr("pcaMethods")

这是我尝试安装pcaMethods时遇到的错误:

Error in if (answer %in% allowed) break : argument is of length zero

有人知道我做错了什么吗？

Answer 1

这篇介绍来自这个SO question :

“参数长度为零”是一个非常具体的问题，来 self 最不喜欢的 R 元素之一。让我演示一下这个问题:

> FALSE == "turnip"
[1] FALSE
> TRUE == "turnip"
[1] FALSE
> NA == "turnip"
[1] NA
> NULL == "turnip"
logical(0)

正如您所看到的，与 NULL 的比较不仅不会产生 bool 值，而且根本不会产生值 - 并且控制流往往期望检查会产生某种输出。当它们产生零长度输出时...“参数长度为零”。

从这里来看，你的其中一句台词似乎引发了这种行为。 我猜想交互式 R 的库路径与 rpy 使用的 R 的库路径有所不同，这与您的情况不匹配。

还需要注意的是，您应该只在第一次执行代码时执行一次安装过程:

base.source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocinstaller = importr("BiocInstaller") # this doesn't work
biocinstaller.biocLite("pcaMethods") # this doesn't work

以后你只需要加载包

# load the installed package
pcaMethods = importr("pcaMethods")