python - 使用 python 中的 range 选择一系列文件

Question

我想知道有没有办法使用 python range 命令选择一系列文件，实际上我正在运行 modeler 9.11 进行蛋白质同源建模？

这是Python脚本:

from modeller import *
from modeller.scripts import complete_pdb

log.verbose()    # request verbose output
env = environ()
env.io.atom_files_directory = './Build_models'
env.libs.topology.read(file='$(LIB)/top_heav.lib') # read topology
env.libs.parameters.read(file='$(LIB)/par.lib') # read parameters

for i in range(1, 5):
    # read model file
    code = "Brn3a.B99990000%00d1.pdb" % i
    mdl = complete_pdb(env, code)
    s = selection(mdl)
    s.assess_dope(output='ENERGY_PROFILE NO_REPORT', file='Brn3aloop.profile',
                  normalize_profile=True, smoothing_window=15)

我想读取一组保存在 Build_models 目录中的名为如下的蛋白质结构:

• Brn3a.B99990001
• Brn3a.B99990002
• Brn3a.B99990003
• Brn3a.B99990004
• Brn3a.B99990005

可执行文件的输出如下所示

pdbnam_____E> Filename for PDB code not found: Brn3a.B9999000011.pdb
              Directories: ./Build_models

那么我如何设置范围来选择上面提到的列表？

Answer 1

你就快到了；你的格式应该是:

code = "Brn3a.B9999000%d.pdb" % i

你有太多的零和多余的1。

您还需要记住，范围内的停止值不包含在内，因此要获取数字 1 - 5，您需要向停止参数添加 1:

for i in range(1, 6):