python - 通过匹配文件名模式并连接文件内容来搜索文件

Question

我有 10 个文件夹，其中包含格式如下的文件

"xaaNP_len_0.fa"

或

"xaaP_len_0.fa"

“xaa”部分对于它所在的文件夹来说是唯一的。文件夹被命名

[xaa, xab....xaj]

我想将与特定模式匹配的所有文件连接在一起。

例如我想连接所有

P_len_*.fa

其中 * 是 0 到 100 之间的整数。这不应包括“P”左侧有“N”的情况。

接下来我想连接所有

NP_len_*.fa

以相同的方式将所有 10 个目录中的文件放在一起。

文件的结构是扁平的。例如

xaa/xaaNP_len_0.fa
xab/xabNP_len_0.fa

应该全部进入一个名为

的文件

NP_len_0.fa

Answer 1

尝试这个脚本:

#!/bin/bash

NEXT=''

for (( ;; )); do
    if [[ -n $NEXT ]]; then
        LINE=$NEXT
        NEXT=''
    else
        read LINE || break
    fi

    FILES=("$LINE")
    FORMAT=${LINE#???/???}

    while read LINE; do
        if [[ $LINE == ???/???"$FORMAT" ]]; then
            FILES+=("$LINE")
        else
            NEXT=$LINE
            break
        fi
    done

    echo "Concatenating ${FILES[*]} to $FORMAT."

    cat "${FILES[@]}" > "$FORMAT"
done < <(
    find xa?/ -mindepth 1 -maxdepth 1 -type f -name '???P_len_*.fa' | sort -k 1.14 -n
    find xa?/ -mindepth 1 -maxdepth 1 -type f -name '???NP_len_*.fa' | sort -k 1.15 -n
)