python - fasta 文件标题行插入列

Question

我有一个 fasta 文件，其中包含序列 header 及其相应的序列，如下所示:

>ID101_hg19
ATGGGTGTATCGTACCC
>ID102_hg19
AGCTTTAGCGGGGTACA

我想将标题行更改为序列旁边的另一个制表符分隔列。这是所需的输出:

>ID101_hg19    ATGGGTGTATCGTACCC
>ID102_hg19    AGCTTTAGCGGGGTACA

关于如何完成这项任务有什么想法吗？

Answer 1

使用 Sed，你可以这样做:

sed 'N;s/\n/\t/' file.txt

使用 awk，您可以执行以下操作:

awk '{getline a; printf("%s\t%s", $0, a);}' file.txt