python - pandas - 根据列值将数据框 reshape 为边缘列表

Question

从这个简单的数据框开始:

  node   t1   t2
0    a  pos  neg
1    b  neg  neg
2    c  neg  neg
3    d  pos  neg
4    e  neg  pos
5    f  pos  neg
6    g  neg  pos

我想构建一个边缘列表文件以将其作为无向网络读取。预期输出为:

b c
a d
a f
d f
e g

所以基本上，如果两个节点在 ['t1','t2'] 列中具有相同的值对，我就会链接它们。到目前为止，我首先尝试将这些值分组到一个新列中:

d['c'] = [tuple(i) for i in df[['t1','t2']].values]

但是我却坚持按照自己的意愿对用户进行分组。

编辑: 修复创建新列时的错误。

Answer 1

看看这个:

df = pd.DataFrame({'node': ['a', 'b','c', 'd', 'e', 'f', 'g'],
               't1': ['pos', 'neg', 'neg', 'pos', 'neg', 'pos', 'neg'],
               't2': ['neg', 'neg', 'neg', 'neg', 'pos', 'neg', 'pos']})

K = nx.Graph()
K.add_nodes_from(df['node'].values)

# Create edges
for i, group in df.groupby(['t1', 't2'])['node']:
    # generate all combinations without replacement 
    # from the group of similar column pairs
    for u, v in itertools.combinations(group, 2):           
        K.add_edge(u, v)

print(K.edges())

Result: [('a', 'd'), ('a', 'f'), ('c', 'b'), ('e', 'g'), ('d', 'f')]

这里的技巧是在 pandas 中同时按 2 列进行分组。然后，您可以创建要添加到图中的所有边组合。