Python:在 ITK 中使用 3 维 numpy 数组

Question

我遇到以下问题。我有一个充满 float 的 3D numpy 数组，称为 ScoreMatrix。现在我想在其上使用 Itk 过滤器，例如阈值过滤器。一般情况下可以吗？我尝试将 numpy 数组转换为 itk 图像，然后对其进行处理。还有其他方法吗？:

    scoreMatrixItk = itk.GetImageViewFromArray(scoreMatrix)

    itk.imwrite(scoreMatrixItk, "scoreMatrixItk")
    PixelType = itk.UC
    Dimension = 3

    ImageType = itk.Image[PixelType, Dimension]

    reader = itk.ImageFileReader[ImageType].New()
    reader.SetFileName('scoreMatrixItk')

    thresholdFilter = itk.OtsuMultipleThresholdsImageFilter[
            ImageType,
            ImageType].New()
    thresholdFilter.SetInput(reader.GetOutput())

    thresholdFilter.SetNumberOfHistogramBins(3)
    thresholdFilter.SetNumberOfThresholds(2)
    thresholdFilter.SetLabelOffset(4)

    rescaler = itk.RescaleIntensityImageFilter[ImageType, ImageType].New()
    rescaler.SetInput(thresholdFilter.GetOutput())
    rescaler.SetOutputMinimum(0)
    rescaler.SetOutputMaximum(255)

    writer = itk.ImageFileWriter[ImageType].New()
    writer.SetFileName('outputImage.tiff')
    writer.SetInput(rescaler.GetOutput())

    writer.Update()

但我收到错误:KeyError:“itkTemplate:没有 itk::ImageFileWriter 类的模板 [>]”

我需要注意一些事情吗？

Answer 1

简短的博客post关于 itk<->Numpy 转换。您应该将其与此 one 中的信息结合起来。 。我认为将 ScoreMatrixItk 写入文件是不必要的。在更改创建 thresholdFilter 时使用的类型之后，您应该能够执行 thresholdFilter.SetInput(scoreMatrixItk)。由于您使用的是 unsigned char，因此不需要 rescaler 除非您想增加强度范围，例如0-50 变为 0-255。我不知道为什么您目前会收到错误。