python - 在python中加载MIT-BIH心律失常数据库

Question

什么是最好的文件格式使用以及如何正确加载数据库并在python中绘制sgnals
我正在使用https://physionet.org/physiobank/database/mitdb/中的.dat文件
我用这些代码

import numpy as np 
import matplotlib.pyplot as plt 
data = np.genfromtxt('100.dat',delimiter=',')
print(data)

我得到这个错误：

* 1867行，在genfromtxt中
    引发ValueError（errmsg）

ValueError：检测到一些错误！
    第3行（获得2列而不是1列）
    第6行（获得4列而不是1列）
    第9行（获取3列而不是1列）
    第11行（获得3列而不是1列）
    第12行（获得2列而不是1列）
    第16行（获取3列而不是1列）
    第17行（获得2列而不是1列）
    第18行（获取3列而不是1列）
    第20行（获得2列而不是1列）
    第23行（获得2列而不是1列）
    第27行（获取2列而不是1列）
    第36行（获取2列而不是1列）
    第37行（获得2列而不是1列）
    第66行（获得2列而不是1列）
    第67行（获得2列而不是1列）
    第100行（获取2列而不是1列）
    第105行（获取2列而不是1列）
    第106行（获得2列而不是1列）
    第118行（获取2列而不是1列）
    第120行（获取5列而不是1列）
    第122行（获得3列而不是1列）
    第123行（获取4列而不是1列）
    第125行（获得2列而不是1列）
    第126行（获取2列而不是1列）
    第127行（获取3列而不是1列）
    第128行（获取2列而不是1列）
    第134行（获得2列而不是1列）
    第135行（获得2列而不是1列）
    第137行（获取2列而不是1列）
    第141行（获取3列而不是1列）
    第143行（获取3列而不是1列）
    第146行（获取2列而不是1列）
    第147行（获得2列而不是1列）
    第148行（获得2列而不是1列）
    第149行（获得2列而不是1列）
    第152行（获得3列而不是1列）
    第154行（获得2列而不是1列）
    第156行（获取4列而不是1列）
    第162行（获得2列而不是1列）
    第163行（获取2列而不是1列）
    第167行（获取3列而不是1列）
    第168行（获得2列而不是1列）
    第174行（获得2列而不是1列）
    第175行（获取2列而不是1列）
    第176行（获取3列而不是1列）
    第177行（获得2列而不是1列）
    第179行（获得2列而不是1列）
    第186行（获得2列而不是1列）
    第187行（获取3列而不是1列）
    第188行（获得2列而不是1列）
    第189行（获取3列而不是1列）
    第191行（获得2列而不是1列）
    第193行（获取2列而不是1列）
    第196行（获得2列而不是1列）
    第199行（获得2列而不是1列）
    第202行（获得2列而不是1列）
    第203行（获取2列而不是1列）
    第204行（获取2列而不是1列）
    第209行（获取4列而不是1列）
    第210行（获取4列而不是1列）
    第211行（获取2列而不是1列）
    第213行（获取2列而不是1列）
    第218行（获得2列而不是1列）
    第222行（获取2列而不是1列）
    第223行（获取3列而不是1列）
    第228行（获得2列而不是1列）
    第236行（获得2列而不是1列）
    第240行（获取2列而不是1列）
    第241行（获得2列而不是1列）
    第244行（获得3列而不是1列）
    第246行（获取2列而不是1列）
    第255行（获取2列而不是1列）
    第257行（获取2列而不是1列）
    第268行（获取2列而不是1列）
    第269行（获取2列而不是1列）
    第271行（获取2列而不是1列）
    第273行（获取4列而不是1列）
    第280行（获取2列而不是1列）
    第281行（获得2列而不是1列）
    第291行（获取2列而不是1列）
    第323行（获取2列而不是1列）
    第325行（获取2列而不是1列）
    第334行（获得2列而不是1列）
    第340行（获取2列而不是1列）
    第341行（获得2列而不是1列）
    第342行（获得2列而不是1列）
    第364行（获取2列而不是1列）
    第372行（获取3列而不是1列）
    第375行（获取2列而不是1列）
    第378行（获得6列而不是1列）*

Answer 1

您应该使用wfdb-python包。该文档确实非常好，并且有很多示例。要在您的环境中安装它，只需执行pip install wfdb。

假设您在名为100.dat的本地目录中拥有数据文件（包括上面提到的./mitdb文件），则可以使用以下内容读取记录：

import wfdb
record = wfdb.rdsamp('mitdb/100', sampto=3000)
annotation = wfdb.rdann('sampledata/100', 'atr', sampto=3000)

然后，您可以使用以下功能来绘制数据：

wfdb.plotrec(record, annotation = annotation,
         title='Record 100 from MIT-BIH Arrhythmia Database',
         timeunits = 'seconds', figsize = (10,4), ecggrids = 'all')

如果本地还没有数据文件，则可以使用wfdb下载它们：

import os
wfdb.dldatabase('mitdb', os.path.join(os.getcwd, 'mitdb'))

这将下载记录并将其保存在名为mitdb的本地目录中