python - 如何使用 MDAnalysis 从 Amber 加载 .prmtop 和 .crd 文件？

Question

我尝试从 Amber 加载 .crd 文件，但失败，因为它不是 MDAnalysis 期望的格式(请参阅末尾的错误):

topology = 'top.prmtop'
trajectory = 'amberOut.crd'
u = MDAnalysis.Universe(topology, trajectory)

我看到了这个thread还有这个library如果我可以使用 MDAnalysis 读取 Amber .crd 文件，我不想使用它。

有什么想法为什么不起作用吗？如果我在 VMD 中加载轨迹，我将使用此命令(并且它有效):

vmd -parm7 top.prmtop -crdbox amberOut.crd

<小时/>

Traceback (most recent call last):
  File "analysis.py", line 5, in <module>
    u = MDAnalysis.Universe(topology, trajectory)
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/core/universe.py", line 305, in __init__
    self.load_new(coordinatefile, **kwargs)
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/core/universe.py", line 535, in load_new
    self.trajectory = reader(filename, **kwargs)
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/coordinates/base.py", line 1943, in __init__
    self._read_first_frame()
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/coordinates/CRD.py", line 73, in _read_first_frame
    natoms = int(fields[0])
ValueError: invalid literal for int() with base 10: '96.380'

Answer 1

使用 Universe 的 format="TRJ" 关键字参数在你的命令中:

u = MDAnalysis.Universe("top.prmtop", "amberOut.crd", format="TRJ")

您说您将 VMD 与“crdbox”一起使用，并且“crdbox”扩展名被 MDAnalysis 识别为 Amber ASCII trajectory 。但是，您用于文件的“crd”扩展名已用于 CHARMM 坐标文件(“CRD”文件)，因此您需要显式指定 Universe 的轨迹格式。

(如果您为轨迹指定扩展名“crdbox”或“trj”，例如“amberOut.crdbox”或“amberOut.trj”，则 MDAnalysis 会自动将其识别为 Amber ASCII 轨迹。但是，您始终可以覆盖使用显式 format 关键字参数进行格式检测。)

更新:基于此问题，我们更新了 Amber 轨迹阅读器的 MDAnalysis 文档，以包含 how to read Amber "crd" trajectories 的注释.