我认为这应该很简单,但现在是星期五下午,我的大脑不太清楚。
我正在编写一个小文件解析,下面的代码将一组字符串转换为数据帧,并将字符串拆分。
以下是一些示例字符串:
1. NC_002523_1 Serratia entomophila plasmid pADAP, complete sequence.
2. NZ_CM003366_0 Pantoea ananatis strain CFH 7-1 plasmid CFH1-7plasmid2, whole genome shotgun sequence.
3. NZ_CP014491_0 Escherichia coli strain G749 plasmid pG749_3, complete sequence.
4. NC_015062_0 Rahnella sp. Y9602 plasmid pRAHAQ01, complete sequence.
我没有预料到第四个条目中 sp
之后的 .
,正如您在下面的代码中看到的,我在 .
获取排名的第一个整数。因此,我收到一个 ValueError,即列数超出预期。
# Define the column headers for the section since the file's are too verbose and ambiguous
SigHit.Columns = ["Rank", "ID", "Description"]
# Store the table of loci and associated data (tab separated, removing last blank column.
# Use StringIO object to imitate a file, which means that we can use read_table and have the dtypes
# assigned automatically (necessary for functions like min() to work correctly on integers)
SigHit.Table = pd.read_table(
io.StringIO(u'\n'.join([row.rstrip('.') for row in sighits_section])),
sep='\.|\t',
engine='python',
names=SigHit.Columns)
我能想到的最简单的解决方案(直到其他一些边缘情况破坏它)是替换除第一次出现之外的每个 .
。如何做到这一点?
我看到有一个maxreplace
argument到 .replace
,但这会与我想要的相反,并且只会替换第一个实例。
有什么建议吗? (更强大的解析方法也是一个有效的选择,但我需要更改的代码越少越好)。
最佳答案
使用正向后查找来确保点前面有一个数字 - sep='(?<=\d)\.|\t'
例如:
import pandas as pd
import io
columns = ["Rank", "ID", "Description"]
sighits_section = '''1. NC_002523_1\tSerratia entomophila plasmid pADAP, complete sequence.
2. NZ_CM003366_0\tPantoea ananatis strain CFH 7-1 plasmid CFH1-7plasmid2, whole genome shotgun sequence.
3. NZ_CP014491_0\tEscherichia coli strain G749 plasmid pG749_3, complete sequence.
4. NC_015062_0\tRahnella sp. Y9602 plasmid pRAHAQ01, complete sequence.'''.splitlines()
tab = pd.read_table(io.StringIO(u'\n'.join([row.rstrip('.') for row in sighits_section])),
sep='(?<=\d)\.|\t',
engine='python',
names=columns)
print(tab)
打印
Rank ID Description
0 1 NC_002523_1 Serratia entomophila plasmid pADAP, complete s...
1 2 NZ_CM003366_0 Pantoea ananatis strain CFH 7-1 plasmid CFH1-7...
2 3 NZ_CP014491_0 Escherichia coli strain G749 plasmid pG749_3, ...
3 4 NC_015062_0 Rahnella sp. Y9602 plasmid pRAHAQ01, complete ...
为了更加安全,您可能需要在点旁边添加空格作为分隔符 - sep='(?<=\d)\.\s|\t'
- 缓解,如果你有,例如10.1
在你的描述中的某个地方。这无论如何都不是防弹的。
更安全 - 当您一次处理一行数据时,您可以添加一个断言,即该数字也是字符串中的第一个字符 sep='(?<=^\d)\.\s|\t'
。但是,这会在数字高于 10 时崩溃。
关于python - 删除Python中第一个实例后的字符串字符,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/49819880/