我有一个 C 代码,需要与 openMP 进行并行化。代码本身串行运行良好,但并行运行时则不然。该代码正在使用 PBS 运行,并且我已包含批处理脚本。
该代码有两个并行化区域,都在一个时间循环内,最后变为串行以打印输出文件。理想情况下,每个时间步长有一个输出。
串行地,我每个时间步输出一个文件,但并行地,它输出第一个文件,并继续无限期地运行,不输出任何内容(包括错误文件,包括自制错误和系统错误)。
代码
.#pragma omp parallel for default(none) private (dudx2, dudy2, dudz2, du, /*I_gap, I_gap2,*/ Ii, x, y, z) shared (V, Vnew, /*v_fibro,*/ hh) schedule(static)
for (z=1;z<Z;z++) {
for (y=1;y<Y;y++)
for (x=1;x<X;x++)
if (hh[x][y][z] > 0) {
dudx2 = (V[x - 1][y][z] + V[x + 1][y][z] - 2 * V[x][y][z]) ;
dudy2 = (V[x][y - 1][z] + V[x][y + 1][z] - 2 * V[x][y][z]) ;
dudz2 = (V[x][y][z - 1] + V[x][y][z + 1] - 2 * V[x][y][z]);
du = (D/(dx*dx))*((dudx2) + (dudy2) + (dudz2)) ;
Ii = MYO(x,y,z); //calls function with multiple multi-dimen' arrays
Vnew[x][y][z] = V[x][y][z] + dt * (du - Ii );
}
}
.#pragma omp parallel for default(none) shared (V, Vnew, hh) private (x, y, z) schedule(static)
for (z=0;z<=Z;z++) {
for (y=0;y<=Y;y++)
for (x=0;x<=X;x++){
if (hh[x][y][z] > 0)
V[x][y][z]=Vnew[x][y][z];
}
}
sprintf(str2,"V%d.vtk",tab);
fprintf(outp,"%s\n",str2);
userfile=fopen(str2,"wt");
if(userfile==NULL) fprintf(outp,"Could not open%s\n.",str2);
tab++;
fprintf(userfile,"vtk header\n");
for (z=0;z<Z;z++){
for (y=0;y<Y;y++){
for (x=0;x<X;x++){
fprintf(userfile,"%g ",Vnew[x][y][z]);
}
注释
-多维数组为 200x200x200,其中有 20 多个无法实际减少(代表 3d 组织中的生物细胞特性)
这促使我们调查内存错误的可能性。因此我们更改了批处理脚本以允许每个处理器 8GB
-代码包括 omp_set_num_threads (64) 和编译行是;
gcc -lm -lgomp -fopenmp -03 filename.c -o test ("-mcmodel=medium" has been trialed)
-批处理脚本是
mppwidth 和 aprun 不运行
.#!/bin/bash
.#PBS -l nodes=1:ppn=64
.#PBS -l mem=512G
.#PBS -M email adress@gmail.com
.#PBS -l walltime=20:00:00
.#PBS -N test
.#PBS -o ./
.#PBS -e ./
.#Modules!
. /etc/profile.d/modules.sh
module purge
.#(Intel compilers)
.# source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.7.256/bin/compilervars.sh intel64
module load intel/composerxe/13.0.0
cd $PBS_O_WORKDIR
export OMP_NUM_THREADS=64
./test
提前致谢,并对糟糕的拼写语法和格式等表示歉意。
最佳答案
这是一个简单的例子:
#include <stdio.h>
#include <math.h>
#include <sys/time.h>
#define OMP_NUM_THREADS 4
#define X 50
#define Y 50
#define Z 50
double dtime(){
double t;
struct timeval tv;
gettimeofday(&tv, NULL);
t = tv.tv_sec + ((double)tv.tv_usec)/1e6;
return t;
}
int main(int argv, char **argc){
double V[X][Y][Z];
double Vnew[X][Y][Z];
int z;
for (int z=0;z<Z;z++)
for (int y=0;y<Y;y++)
for (int x=0;x<X;x++)
V[x][y][z] = 3.*x+2.*y+z;
double t0 = dtime();
#pragma omp parallel for shared(V, Vnew)
for(z=1;z<Z;z++)
for(int y=1;y<Y;y++)
for(int x=1;x<X;x++)
Vnew[x][y][z] = sin(V[x][y][z])*cos(V[x][y][z])+log(V[x][y][z]);
printf("time: %g\n", dtime() - t0);
FILE *userfile=fopen("out" ,"w");
fprintf(userfile,"vtk header\n");
for (z=0;z<Z;z++)
for (int y=0;y<Y;y++)
for (int x=0;x<X;x++)
fprintf(userfile,"%g ",Vnew[x][y][z]);
}
编译:
gcc -std=gnu99 -fopenmp -lm 1.c
在我的机器(4 核)上运行后,它给出:
time: 0.0224061
当我评论#pragma omp
时,我得到:
time: 0.059217
关于c - OpenMP-无输出,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/14776013/