c - HDF5 可变长度结构，可变长度(C API)

Question

我想将 STL 容器中包含的数据写入 HDF5 文件。根据我收集的信息，我需要声明一个连续的内存块，并使用 "hdf5.h" C API 将数据从内存缓冲区传输到磁盘。

对于常规数据空间，过程很简单；只需要使用new在堆栈上创建临时数组。 HDF5“理解”这种内存布局。 当处理不规则数据空间时，情况就不同了，因为必须使用专用类型 hvl_t。

以下代码片段可以工作，但不是 ISO C++(11):

// Test data
std::vector< std::vector<int> > jagged_array(3);
jagged_array[0] = {0};
jagged_array[1] = {0, 1, 2, 3};
jagged_array[2] = {0, 1, 2};

hvl_t X[jagged_array.size()];
for (unsigned int i = 0; i < jagged_array.size(); ++i) {
    X[i].len = jagged_array[i].size();
    int * ptr = (int *) malloc (X[i].len * sizeof(int));
    for (unsigned int j = 0; j < X[i].len; ++j) {
        ptr[j] = jagged_array[i][j];
    }
    X[i].p = (void *) ptr;
}

我的C非常生锈了；除了非法行 hvl_t X[jagged_array.size()]; 之外，此代码片段几乎完全从 HDF5 示例页面中抄袭。

我应该如何声明一个在运行时确定大小的 hvl_t ？ 它肯定涉及 malloc，但我真的被难住了。

Answer 1

我知道已经有一段时间了，但我今天才发现这个。这是一个正确的 C++ 解决方案，不分配额外的内存，而只是将指向 vector 的指针存储在 vlen_t 中:

// Test data
std::vector< std::vector<int> > jagged_array(3);
jagged_array[0] = {0};
jagged_array[1] = {0, 1, 2, 3};
jagged_array[2] = {0, 1, 2};

hvl_t X[jagged_array.size()];
for (unsigned int i = 0; i < jagged_array.size(); ++i) {
    X[i].len = jagged_array[i].size();
    X[i].p = (void*) &jagged_array[i].front();
}