tl;dr Python 的 ctypes 文档中描述的 _as_parameter_ 和 from_param 机制似乎并不适用在 OS X 中工作正常。我们的代码或 ctypes 有问题吗？
一些背景
GenomeTools library包括广泛的 C API 以及一小部分使用 ctypes 实现的 Python 绑定(bind)。我经常使用 C API，但我对使用和贡献该项目的 Python 代码很感兴趣。 C 代码位于 src/ 中，Python 绑定(bind)在 gtpython/ 中实现。
我编写了一个虚拟脚本来测试。
from gt import *
print "DEBUG a"
ingff3 = GFF3InStream("testdata/Scaffold_102.gff3")
print "DEBUG b"
outgff3 = GFF3OutStream(ingff3)
print "DEBUG c"
outgff3.pull()
print "DEBUG d"
问题
忽略特定于库的详细信息，GFF3InStream和 GFF3OutStream类是 C 对象类型的 Python 包装器。 GFF3OutStream 构造函数调用 C 库中的构造函数 gt_gff3_out_stream_new。该 C 函数的第一个参数应该是指向 C 对象的指针。调用该函数的Python代码提供了一个Python对象作为参数，但由于该对象设置了_as_parameter_属性并定义了from_param方法，因此将值传递给C code实际上是Python对象封装的指针，而不是指向Python对象本身的指针。
至少是这个想法，这就是它在 Linux 上的工作原理。但在 Mac OS X 上，我遇到了各种段错误，因为这些机制似乎不起作用。仅当我显式更改构造函数时...
class GFF3OutStream(GenomeStream):
def __init__(self, genome_stream):
self.gs = gtlib.gt_gff3_out_stream_new(genome_stream, None)
self._as_parameter_ = self.gs
...对此...
class GFF3OutStream(GenomeStream):
def __init__(self, genome_stream):
self.gs = gtlib.gt_gff3_out_stream_new(genome_stream.gs, None)
self._as_parameter_ = self.gs
...我是否观察到我的小虚拟脚本在 OS X 上的正确行为。
_as_parameter_ 和 from_param 机制在 Mac OS X 上真的不可用吗？这是 Python 的 ctypes 的已知问题吗？或者 GenomeTools 代码有问题吗？
最佳答案
getfunc的c_void_p以整数形式返回指针值。整数参数的默认转换是 C int ，它截断 64 位指针值。
至少有两种方法可以解决这个问题。将整数结果包装在 c_void_p 中.
class GFF3OutStream(GenomeStream):
def __init__(self, genome_stream):
self.gs = c_void_p(gtlib.gt_gff3_out_stream_new(genome_stream, None))
self._as_parameter_ = self.gs
或设置restype到 c_void_p 的子类，它会跳过调用 getfunc .
class my_void_p(c_void_p):
pass
gtlib.gt_gff3_out_stream_new.restype = my_void_p
class GFF3OutStream(GenomeStream):
def __init__(self, genome_stream):
self.gs = gtlib.gt_gff3_out_stream_new(genome_stream, None)
self._as_parameter_ = self.gs # my_void_p instance
2.7.8 ctypes 源链接:
关于python - OS X 上的 Python ctypes '_as_parameter_' 和 'from_param' 的问题，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/27067849/