我有一个 Python 脚本
,它调用 Perl 脚本
来解析文件。解析后,PERL
脚本会生成一个输出,该输出将加载到 Python
脚本中的 MySQL 数据库。
Python 脚本如下:
pipe = subprocess.Popen(["perl", "./parseGeneticCode.pl"], stdin=subprocess.PIPE)
pipe.stdin.close()
pipe = subprocess.Popen(["perl", "./makeTaxon.pl"], stdin=subprocess.PIPE)
pipe.stdin.close()
#Load taxon.out (output of makeTaxon.pl) in the database
sql10 = """LOAD DATA LOCAL INFILE 'gene_code.out' INTO TABLE geneticcode FIELDS TERMINATED BY '\t' OPTIONALLY ENCLOSED BY '"' LINES TERMINATED BY '\n' (ncbi_taxon_ID, parent_ID, taxon_name, taxon_strain, rank, geneticcode_ID, mitochondrial_geneticcode_ID);"""
try:
c.execute(sql10)
conn.commit()
print "\nDone uploading in taxon\n"
except StandardError, e:
print e
conn.rollback()
conn.close()
sql9 = """LOAD DATA LOCAL INFILE 'taxon.out' INTO TABLE taxon FIELDS TERMINATED BY '\t' OPTIONALLY ENCLOSED BY '"' LINES TERMINATED BY '\n' (ncbi_taxon_ID, parent_ID, taxon_name, taxon_strain, rank, geneticcode_ID, mitochondrial_geneticcode_ID);"""
try:
c.execute(sql9)
conn.commit()
print "\nDone uploading in taxon\n"
except StandardError, e:
print e
conn.rollback()
conn.close()
这些文件:taxon.out
和 gene_code.out
由 perl 脚本创建。但我的 Python 脚本出现错误:
(2, "File 'taxon.out' not found (Errcode: 2)")
(0, '')
Traceback (most recent call last):
File "common_data.py", line 247, in <module>
conn.rollback()
_mysql_exceptions.OperationalError: (2006, 'MySQL server has gone away')
文件 gene_code.out
或 taxon.out
均未上传。
最佳答案
您需要显式配置 MySQL 服务器和客户端才能使用LOAD DATA LOCAL
。请参阅讨论in the documentation .
关于python - PERL 脚本的输出未使用 Python 加载到 MySQL,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/18947046/